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1ify

Solution Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A

Method: SOLUTION NMR Dmax: 39.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UV EXCISION REPAIR PROTEIN RAD23 HOMOLOG A

Homo sapiens

UniProt P54725

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 156–204 片段：INTERNAL UBA DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成：2mM UBA1 U-15N,13C | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成：2mM UBA1 U-15N | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成：2mM UBA1 | 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1IFY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DV0 Refined NMR solution structure of the C-terminal UBA domain of the human homologue of RAD23A (HHR23A) 提交 2000-01-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–363（45 aa） 片段：UBA DOMAIN (C-TERMINAL DOMAIN)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 1mM Uba-domain, chemically synthesized; 50mM potassium phosphate pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2mM Uba-domain, expressed in E.coli, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2mM Uba-domain, U-15N, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2mM Uba-domain, U-15N,13C, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1F4I SOLUTION STRUCTURE OF THE HHR23A UBA(2) MUTANT P333E, DEFICIENT IN BINDING THE HIV-1 ACCESSORY PROTEIN VPR 提交 2000-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–363（45 aa） 片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN
突变：P333E 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 2mM UBA(2) domain mutant P333E; 50mM phosphate buffer, 150mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1OQY Structure of the DNA repair protein hHR23a 提交 2003-03-11 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–363（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM 13C,15N,2H hHR23a; 20 mM NaPO4 pH 6.5; 100 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1P98 High-resolution NMR structure of the Ubl-domain of HHR23A 提交 2003-05-09 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–78（78 aa） 片段：Ubiquitin-like domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient
NMR样品组成 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O
NMR样品组成 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A, unlabeled | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O
分辨率未提供
1P9D High-resolution structure of the complex of HHR23A ubiquitin-like domain and the C-terminal ubiquitin-interacting motif of proteasome subunit S5a 提交 2003-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 U 1–78（78 aa） 片段：ubiquitin-like domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient
NMR样品组成 2mM S5a peptide unlabeled, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O
NMR样品组成 2mM S5a peptide U-15N,13C, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A unlabeled | 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O
分辨率未提供
1QZE HHR23a protein structure based on residual dipolar coupling data 提交 2003-09-16 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–363（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.55 MM 15N, HHR23A; 20MM NAPO4 PH 6.5; 100 MM NACL;7.5 mg/ml Pf1 phage; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1TP4 Solution structure of the XPC binding domain of hHR23A protein 提交 2004-06-15 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 223–317（95 aa） 片段：XPC binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide；压力 ambient
NMR样品组成 1mM XPCB U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–82（82 aa） 片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE
分辨率 1.65 Å R-free 0.160
2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–82（82 aa） 片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE
分辨率 1.65 Å R-free 0.160
5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 156–204（49 aa） 片段：UNP residues 156-204
未记录 TB TERBIUM(III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 155–204（50 aa）
突变：Y188G EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol
分辨率 1.10 Å R-free 0.153
6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 155–204（50 aa）
突变：Y188G EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol
分辨率 1.10 Å R-free 0.153
6W2H Crystal Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2020-03-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 155–204（50 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 8.5, 1.5 M Ammonium sulfate, 12%(v/v) Glycerol
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
6W2I Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2020-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 155–204（50 aa）
突变：Y188G GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate
分辨率 1.45 Å R-free 0.183
6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 319–358（40 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
分辨率 2.34 Å R-free 0.220
6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 319–358（40 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
分辨率 2.34 Å R-free 0.220
6XQJ Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 223–363（141 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 927 uM [U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1100 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1110 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1000 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 745 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
7TGP E176T/Y188G variant of the internal UBA Domain of HHR23A 提交 2022-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 155–204（50 aa） 片段：residues 154-204 of the Internal UBA domain
突变：E176T, Y188G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；sodium formate
分辨率 1.40 Å R-free 0.175
8Q06 EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A 提交 2023-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–84（84 aa）
链 D 1–84（84 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M potassium chloride, 2.2 M ammonium sulphate
分辨率 1.90 Å R-free 0.247

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RD23A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–49； UniProt 156–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ify

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ify
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ify
沉积日期 deposition_date2001-04-13
结构标题 titleSolution Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A
关键词 keywordsUbiquitin associated domain, UBA domain, Ubiquitin proteosome pathway, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.15 Å
零角强度 I(0) i045793600.00
分子量 molecular_weight54892.0 kDa
排除体积 excluded_volume68295 ų
包络体积 envelope_volume12205 ų
水化壳体积 shell_volume8836 ų
包络直径 envelope_diameter40.8 Å
壳层 Rg shell_rg17.41 Å
包络 Rg envelope_rg13.16 Å
形状 Rg shape_rg10.12 Å
总 Rg total_rg10.61 Å
总原子数 total_atoms7649
残基数 n_residues490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.8 Å
Rg (实空间) rg_real10.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45790000.0000
解质量估计 total_estimate0.7661
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary12.6 Å
偏度 Skewness skewness0.381
峰度 Kurtosis kurtosis0.176
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72270.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.362; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.973
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ifya_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.5.2 — UBA-like
家族 Family familya.5.2.1 — UBA domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ifyA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)