SAXSdb — 1ig3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thiamin pyrophosphokinase

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 14 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 28 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 28 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPK1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–263； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 21–263； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ig3
沉积日期 deposition_date	2001-04-16
结构标题 title	Mouse Thiamin Pyrophosphokinase Complexed with Thiamin
关键词 keywords	beta barrel, alpha/beta/alpha sandwich, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ig3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ig3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ig3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.79 Å
Rg（电子密度）	36.81 Å
总 Rg	37.21 Å
原子数	7986
残基数	994
排除体积	141880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ig3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ig3__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ig3__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	thiamin pyrophosphokinase
分子量 formula_weight	29268.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.6.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4406

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEHAFTPLEPLLPTGNLKYCLVVLNQPLDARFRHLWKKALLRACADGGANHLYDLTEGERESFLPEFVSGDFDSIRPEVKEYYTKKGCDLISTPDQDHTDFTKCLQVLQRKIEEKELQVDVIVTLGGLGGRFDQIMASVNTLFQATHITPVPIIIIQKDSLIYLLQPGKHRLHVDTGMEGSWCGLIPVGQPCNQVTTTGLKWNLTNDVLGFGTLVSTSNTYDGSGLVTVETDHPLLWTMAIKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM
分子量 formula_weight	265.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1ig3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.6 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain
家族 Family family	b.82.6.1 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ig3a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.100 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	c.100.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
家族 Family family	c.100.1.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ig3a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ig3b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.6 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain
家族 Family family	b.82.6.1 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d1ig3b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.100 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	c.100.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
家族 Family family	c.100.1.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ig3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain

结构域编号 domain_id	1ig3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10240 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1ig3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain

结构域编号 domain_id	1ig3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10240 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	89.800 Å
晶胞边长 b length_b	89.800 Å
晶胞边长 c length_c	141.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2390

Mouse Thiamin Pyrophosphokinase Complexed with Thiamin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thiamin pyrophosphokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ig3__assembly_2__model_1

1ig3__assembly_2__model_1 | I(q)

1ig3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Mouse Thiamin Pyrophosphokinase Complexed with Thiamin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thiamin pyrophosphokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ig3__assembly_2__model_1

1ig3__assembly_2__model_1 | I(q)

1ig3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)