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1ign

DNA-BINDING DOMAIN OF RAP1 IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA SITE

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RAP1)

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P11938

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3') ; × 1 water × 3 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 ;DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3') ; × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2l42 3cz6 3cz6

共 3 个 assembly

同源二聚体
3cz6

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1ign 1ign 3owt 3ukg 4bj5 4bj5 4bj6 4bj6 4bjt 4bjt 4bjt 4gfb

共 14 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAP1_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 353–598 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 353–598

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ign
沉积日期 deposition_date1996-02-29
结构标题 titleDNA-BINDING DOMAIN OF RAP1 IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA SITE
关键词 keywordsRAP1, YEAST, TELOMERES, HOMOEODOMAIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ign__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ign__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ign__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）23.06 Å
Rg（电子密度）22.84 Å
总 Rg23.46 Å
原子数2343
残基数226
排除体积38947 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1ign__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1ign__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1igna1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.6 — DNA-binding domain of rap1
结构域编号 domain_idd1igna2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.6 — DNA-binding domain of rap1
结构域编号 domain_idd1ignb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.6 — DNA-binding domain of rap1
结构域编号 domain_idd1ignb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.6 — DNA-binding domain of rap1

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1ignA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id1ignA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id1ignB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id1ignB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
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7. 引用文献 (3)