1igv

BOVINE CALBINDIN D9K BINDING MN2+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 39.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN, INTESTINAL

Bos taurus

UniProt P02633

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–78 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;295 K;65 % ammonium sulphate, 600 mM MnCl2, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 295K 分辨率 1.85 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S100G_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–75; UniProt 4–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1igv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1igv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1igv
沉积日期 deposition_date2001-04-18
结构标题 titleBOVINE CALBINDIN D9K BINDING MN2+
关键词 keywordsCALCIUM-BINDING PROTEIN, EF-HAND, MANGANESE BINDING, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.43
零角强度 I(0) i01533040.00
分子量 molecular_weight8490.0 kDa
排除体积 excluded_volume10757 ų
包络体积 envelope_volume11851 ų
水化壳体积 shell_volume9017 ų
包络直径 envelope_diameter36.1
壳层 Rg shell_rg16.80
包络 Rg envelope_rg11.64
形状 Rg shape_rg11.40
总 Rg total_rg12.98
总原子数 total_atoms597
残基数 n_residues75
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax39.3
Rg (实空间) rg_real13.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real1.5330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5620e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1533000.0000
解质量估计 total_estimate0.7255
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.9
偏度 Skewness skewness-0.031
峰度 Kurtosis kurtosis-0.419
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha168900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1igva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.1 — Calbindin D9K

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1igvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)