1ijd

Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN × 3 （P35094） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 9 RHODOPINAL GLUCOSIDE × 3 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN × 9 （P35094） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 27 RHODOPINAL GLUCOSIDE × 9 octyl beta-D-glucopyranoside × 9 water × 18	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA1_RHOAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN

物种未注明

UniProt P35094

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN × 3 （P35089） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 9 RHODOPINAL GLUCOSIDE × 3 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN × 9 （P35089） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 27 RHODOPINAL GLUCOSIDE × 9 octyl beta-D-glucopyranoside × 9 water × 18	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB1_RHOAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–42； UniProt 1–42 作者链 D； PDB构建体 1–42； UniProt 1–42 作者链 F； PDB构建体 1–42； UniProt 1–42

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ijd
沉积日期 deposition_date	2001-04-25
结构标题 title	Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050
关键词 keywords	Pigment-protein complex, alpha-helix apoproteins, intergral membrane protein, light harvesting, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ijd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ijd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ijd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.25 Å
Rg（电子密度）	30.26 Å
总 Rg	31.43 Å
原子数	8343
残基数	765
排除体积	159220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ijd__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ijd__assembly_2__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN
分子量 formula_weight	5578.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	2826

MNQGKIWTVVPPAFGLPLMLGAVAITALLVHAAVLTHTTWYAAFLQGGVKKAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN
分子量 formula_weight	4731.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

AEVLTSEQAEELHKHVIDGTRVFLVIAAIAHFLAFTLTPWLH

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	RHODOPINAL GLUCOSIDE
分子量 formula_weight	731.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1ijda_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1ijdb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1ijdc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1ijdd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1ijde_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1ijdf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1ijdA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1ijdB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1ijdC00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1ijdD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1ijdE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1ijdF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

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晶胞边长 a length_a	117.260 Å
晶胞边长 b length_b	117.260 Å
晶胞边长 c length_c	295.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	42.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.2560

Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ijd__assembly_2__model_1

1ijd__assembly_2__model_1 | I(q)

1ijd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ALPHA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ijd__assembly_2__model_1

1ijd__assembly_2__model_1 | I(q)

1ijd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)