SAXSdb — 1ik4

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHYLGLYOXAL SYNTHASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152 链 B； UniProt 1–152 链 C； UniProt 1–152 链 D； UniProt 1–152 链 E； UniProt 1–152 链 F； UniProt 1–152	未记录	PGH PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 1500, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IK4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B93 METHYLGLYOXAL SYNTHASE FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 14 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.202
1EGH STRUCTURE OF METHYLGLYOXAL SYNTHASE COMPLEXED WITH THE COMPETITIVE INHIBITOR 2-PHOSPHOGLYCOLATE 提交 2000-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）链 F 1–152（152 aa）	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 1500, sodium cacodylate, imidazole-HCL, potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1S89 H98N Mutant of Methylglyoxal Synthase from E. coli complexed with Phosphoglycolic Acid 提交 2004-01-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）链 F 1–152（152 aa）	突变：H98N 突变：H98N 突变：H98N 突变：H98N 突变：H98N 突变：H98N	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；PEG 1500, Sodium Cacodylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.229
1S8A H98Q Mutant of Methylglyoxal Synthase from E. coli complexed with Phosphoglycolic Acid 提交 2004-01-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）链 F 1–152（152 aa）	突变：H98Q 突变：H98Q 突变：H98Q 突变：H98Q 突变：H98Q 突变：H98Q	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 1500, Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGSA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 C； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 F； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ik4
沉积日期 deposition_date	2001-05-02
结构标题 title	X-ray Structure of Methylglyoxal Synthase from E. coli Complexed with Phosphoglycolohydroxamic Acid
关键词 keywords	GLYCOLYTIC BYPASS, METHYLGLYOXAL, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.64 Å
零角强度 I(0) i0	156892000.00
分子量 molecular_weight	100020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125480 Å³
包络体积 envelope_volume	145680 Å³
水化壳体积 shell_volume	42090 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.68 Å
包络 Rg envelope_rg	27.41 Å
形状 Rg shape_rg	27.65 Å
总 Rg total_rg	28.44 Å
总原子数 total_atoms	7028
残基数 n_residues	910
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9091
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.959

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	METHYLGLYOXAL SYNTHASE
分子量 formula_weight	16937.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7428

MELTTRTLPARKHIALVAHDHCKQMLMSWVERHQPLLEQHVLYATGTTGNLISRATGMNVNAMLSGPMGGDQQVGALISEGKIDVLIFFWDPLNAVPHDPDVKALLRLATVWNIPVATNVATADFIIQSPHFNDAVDILIPDYQRYLADRLK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID
分子量 formula_weight	171.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	400

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1ik4a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

结构域编号 domain_id	d1ik4b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

结构域编号 domain_id	d1ik4c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

结构域编号 domain_id	d1ik4d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

结构域编号 domain_id	d1ik4e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

结构域编号 domain_id	d1ik4f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.24 — Methylglyoxal synthase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.24.1 — Methylglyoxal synthase-like
家族 Family family	c.24.1.2 — Methylglyoxal synthase, MgsA

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1ik4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	1ik4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	1ik4C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	1ik4D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	1ik4E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	1ik4F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	53.050 Å
晶胞边长 b length_b	129.530 Å
晶胞边长 c length_c	178.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2940
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2060

fit	/app/data/saxs_computation/ik/1ik4/1ik4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/1ik4/1ik4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/1ik4/1ik4.dat

X-ray Structure of Methylglyoxal Synthase from E. coli Complexed with Phosphoglycolohydroxamic Acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHYLGLYOXAL SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction