SAXSdb — 1iod

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 41–84	片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 1 COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 1 CA CALCIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 41–84	片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 2 COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 2 CA CALCIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 41–84	片段：GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 2 COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN × 2 CA CALCIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IOD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1APO THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE APO FORM OF THE N-TERMINAL EGF-LIKE MODULE OF BLOOD COAGULATION FACTOR X AS DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY AND SIMULATED FOLDING 提交 1992-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–126（42 aa）	未记录	OH HYDROXIDE ION × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CCF How an Epidermal Growth Factor (EGF)-Like Domain Binds Calcium-High Resolution NMR Structure of the Calcium Form of the NH2-Terminal EGF-Like Domain in Coagulation Factor X 提交 1993-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–126（42 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1KIG BOVINE FACTOR XA 提交 1997-04-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 234–474（241 aa）链 L 129–179（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1WHE COAGULATION FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–126（86 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1WHF COAGULATION FACTOR, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1996-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–126（86 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA10_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–44； UniProt 41–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1iod
沉积日期 deposition_date	2001-02-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X
关键词 keywords	calcium bridging, domain swapping, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.02 Å
零角强度 I(0) i0	23199500.00
分子量 molecular_weight	35447.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43492 Å³
包络体积 envelope_volume	49409 Å³
水化壳体积 shell_volume	20389 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.92 Å
包络 Rg envelope_rg	21.31 Å
形状 Rg shape_rg	21.00 Å
总 Rg total_rg	21.80 Å
总原子数 total_atoms	2472
残基数 n_residues	284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7597
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.497
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.059
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5871000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.830; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	14682.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2653

DCSSGWSSYEGHCYKVFKQSKTWADAESFCTKQVNGGHLVSIESSGEADFVGQLIAQKIKSAKIHVWIGLRAQNKEKQCSIEWSDGSSISYENWIEEESKKCLGVHIETGFHKWENFYCEQQDPFVCEA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	14580.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DCPSDWSSYEGHCYKPFNEPKNWADAENFCTQQHTGSHLVSFQSTEEADFVVKLAFQTFDYGIFWMGLSKIWNQCNWQWSNAAMLKYTDWAEESYCVYFKSTNNKWRSITCRMIANFVCEFQA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
分子量 formula_weight	5734.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ANSFLEEVKQGNLERECLEEACSLEEAREVFEDAEQTDEFWSKY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ioda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1iodb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1iodg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.32 — GLA-domain
超家族 Superfamily superfamily	g.32.1 — GLA-domain
家族 Family family	g.32.1.1 — GLA-domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1iodA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1iodB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.760 Å
晶胞边长 b length_b	99.760 Å
晶胞边长 c length_c	90.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/io/1iod/1iod.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/1iod/1iod.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/1iod/1iod.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)