SAXSdb — 1isn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

merlin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–340	片段：FERM domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG6000, LiCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ISN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 19–314（296 aa）片段：UNP residues 19-314	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.31 Å R-free 0.264
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–313（313 aa）片段：FERM domain residues 1-313	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–313（313 aa）片段：FERM domain residues 1-313	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–320（320 aa）片段：FERM domain, UNP residues 1-320	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–320（320 aa）片段：FERM domain, UNP residues 1-320	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–320（320 aa）片段：FERM domain, UNP residues 1-320	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–320（320 aa）片段：FERM domain, UNP residues 1-320	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279

共 3 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MERL_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 18–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1isn
沉积日期 deposition_date	2001-12-13
结构标题 title	Crystal structure of merlin FERM domain
关键词 keywords	FERM domain, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.16 Å
零角强度 I(0) i0	22710000.00
分子量 molecular_weight	37113.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46824 Å³
包络体积 envelope_volume	58634 Å³
水化壳体积 shell_volume	22501 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.61 Å
包络 Rg envelope_rg	22.49 Å
形状 Rg shape_rg	22.13 Å
总 Rg total_rg	23.15 Å
总原子数 total_atoms	2617
残基数 n_residues	323
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8901
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.188
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4581000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1isna1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family family	a.11.2.1 — Second domain of FERM

结构域编号 domain_id	d1isna2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.5 — Third domain of FERM

结构域编号 domain_id	d1isna3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.4 — First domain of FERM

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1isnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1isnA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1isnA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.408 Å
晶胞边长 b length_b	67.408 Å
晶胞边长 c length_c	179.137 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2840

描述 description	merlin
分子量 formula_weight	38367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2617

Crystal structure of merlin FERM domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

merlin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/is/1isn/1isn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/1isn/1isn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/1isn/1isn.dat