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1ivt

NMR structures of the C-terminal globular domain of human lamin A/C

Method: SOLUTION NMR Dmax: 53.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lamin A/C

Homo sapiens

UniProt P02545

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 428–549 片段：C-terminal domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.3；303 K；压力 ambient NMR样品组成：1mM U-15N,13C; 20mM phosphate buffer K | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM U-15N; 20mM phosphate buffer K | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM U-15N,13C; 20mM phosphate buffer K | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 1IVT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IFR Structure of Lamin A/C Globular Domain 提交 2001-04-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 436–552（117 aa） 片段：residues 436-552
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG4000, ammonium acetate, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å
1X8Y Human lamin coil 2B 提交 2004-08-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 305–387（83 aa） 片段：human lamin A fragment (residues 305-387)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.7M Na/K tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.305
2XV5 Human lamin A coil 2B fragment 提交 2010-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 328–398（71 aa） 片段：HUMAN LAMIN A FRAGMENT, RESIDUES 328-398
链 B 328–398（71 aa） 片段：HUMAN LAMIN A FRAGMENT, RESIDUES 328-398
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；73% MPD, 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5 AND 100 MM NACL, 293 K
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 661–664（4 aa） 片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400
分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 661–664（4 aa） 片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400
分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 661–664（4 aa） 片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400
分辨率 3.80 Å R-free 0.281
2YPT Crystal structure of the human nuclear membrane zinc metalloprotease ZMPSTE24 mutant (E336A) in complex with a synthetic CSIM tetrapeptide from the C-terminus of prelamin A 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 661–664（4 aa） 片段：C-TERMINAL TETRAPEPTIDE, RESIDUES 661-664
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH 7.0, 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 29%(V/V) PEG 400
分辨率 3.80 Å R-free 0.281
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 436–552（117 aa） 片段：Lamin A/C globular domain
突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 436–552（117 aa） 片段：Lamin A/C globular domain
突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 436–552（117 aa） 片段：Lamin A/C globular domain
突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3GEF Crystal structure of the R482W mutant of lamin A/C 提交 2009-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 436–552（117 aa） 片段：Lamin A/C globular domain
突变：R482W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；0.9M sodium citrate, 20mM DTT, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.253
3V4Q Structure of R335W mutant of human Lamin 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 313–386（74 aa） 片段：Coil 2b
突变：R335W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；15% Ethanol, 0.1M Citrate pH 5.5, 0.2 M Litium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.06 Å R-free 0.282
3V4Q Structure of R335W mutant of human Lamin 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 313–386（74 aa） 片段：Coil 2b
突变：R335W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；15% Ethanol, 0.1M Citrate pH 5.5, 0.2 M Litium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.06 Å R-free 0.282
3V4W Structure of E347K mutant of Lamin 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 313–386（74 aa） 片段：Coil 2b
突变：E347K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.339
3V4W Structure of E347K mutant of Lamin 提交 2011-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 313–386（74 aa） 片段：Coil 2b
突变：E347K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 0.2 M Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.70 Å R-free 0.339
3V5B Structure of Coil 2b of human lamin 提交 2011-12-16 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 313–386（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
3V5B Structure of Coil 2b of human lamin 提交 2011-12-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 313–386（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；30% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.5 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 3.00 Å R-free 0.326
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 428–546（119 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 428–546（119 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4
分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6JLB Crystal structure of lamin A/C fragment and assembly mechanisms of intermediate filaments 提交 2019-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–300（300 aa）
链 B 1–300（300 aa）
链 C 1–300（300 aa）
链 D 1–300（300 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；287 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.9 M Lithium chloride, 7% (v/v) PEG 8000
分辨率 3.21 Å R-free 0.261
6RPR LEM domain of Emerin mutant T43I in complex with BAF dimer and the Igfold of the lamin A/C 提交 2019-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 318–433（116 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；18% PEG 3350, 100 mM Tris Bis pH 5.5, 0.1 M NH4SO4
分辨率 2.26 Å R-free 0.244
6SNZ Crystal structure of lamin A coil1b tetramer 提交 2019-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 65–222（158 aa）
链 B 65–222（158 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K 10%, Imodazole 0.1M, Calcium acetate 0.2M
分辨率 2.60 Å R-free 0.281
6SNZ Crystal structure of lamin A coil1b tetramer 提交 2019-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 65–222（158 aa）
链 D 65–222（158 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 8K 10%, Imodazole 0.1M, Calcium acetate 0.2M
分辨率 2.60 Å R-free 0.281
6YF5 Lamin A 17-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–70（54 aa）
链 B 17–70（54 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；35.7% (w/v) 1,6-hexanediol, 5% (w/v) PEG 1K and 0.1 M trisodium citrate dihydrate
分辨率 1.83 Å R-free 0.255
6YF5 Lamin A 17-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 17–70（54 aa）
链 D 17–70（54 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；35.7% (w/v) 1,6-hexanediol, 5% (w/v) PEG 1K and 0.1 M trisodium citrate dihydrate
分辨率 1.83 Å R-free 0.255
6YJD Lamin A coil2 dimer stabilized by N-terminal capping 提交 2020-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 326–403（78 aa）
突变：F40C NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；35% (v/v) methanol, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M HEPES
分辨率 2.90 Å R-free 0.304
6YSH Lamin A 1-70 coil1A dimer stabilized by C-terminal capping 提交 2020-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–70（46 aa）
链 B 26–70（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1M NaH2PO4 H2O,0.1M KH2PO4,2.0M NaCl,0.1M Mes H20 pH 6
分辨率 2.83 Å R-free 0.281
7CRG Beta-strand-mediated dimeric formation of the extended Ig-like domains of human lamin A/C 提交 2020-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 406–553（148 aa）
链 C 406–553（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Potassium Chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35%(v/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4PO/OH)
分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7CRG Beta-strand-mediated dimeric formation of the extended Ig-like domains of human lamin A/C 提交 2020-08-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 406–553（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Potassium Chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35%(v/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4PO/OH)
分辨率 1.80 Å R-free 0.216
7D9N Crystal structure of a non-canonic progeria mutation S143F at lamin A/C and its structural implication to the premature aging 提交 2020-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–229（203 aa）
链 B 27–229（203 aa）
突变：S143F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S143F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.2 M Tris-Hcl pH8 0.1 M Sodium citrate 18% PEG 400
分辨率 3.70 Å R-free 0.304
7X5D Crystal Structure of the K316C mutant of Human Lamin A/C Coil 2 (residues 244-340) 提交 2022-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 244–339（96 aa）
链 B 244–339（96 aa）
突变：K316C 突变：K316C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；Tacsimate (pH 5.5), PEG 3350, methyl mercury acetate
分辨率 1.82 Å R-free 0.279
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 421–552（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SEC SELENOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300
分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 421–552（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SEC SELENOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300
分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7YVD The crystal structure of the progerin C-terminal peptide and the Ig-like domain of lamin A/C 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 421–552（132 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SEC SELENOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；287 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% (v/v) Polyethylene glycol 300
分辨率 2.10 Å R-free 0.195
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 411–566（156 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9
分辨率 1.63 Å R-free 0.300
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 411–566（156 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9
分辨率 1.63 Å R-free 0.300
9J8M Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (High mobility complex) 提交 2024-08-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.82 Å
9J8N Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (Low mobility complex) 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：32-meric
链 M 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
链 P 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
链 m 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
链 p 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.14 Å
9J8O Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-H1-nucleosome complex 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 M 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
链 m 411–566（156 aa） 片段：Ig-fold domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9UL6 Crystal structure of Lamin A/C Ig-like domain mutant - R435C 提交 2025-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 406–552（147 aa）
链 C 406–552（147 aa）
突变：R435C 突变：R435C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
9UL6 Crystal structure of Lamin A/C Ig-like domain mutant - R435C 提交 2025-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 406–552（147 aa）
突变：R435C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.276

共 24 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LAMA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 428–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ivt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ivt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ivt
沉积日期 deposition_date2002-03-29
结构标题 titleNMR structures of the C-terminal globular domain of human lamin A/C
关键词 keywordsBeta barrel, ALL SHEET, Ig-fold, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.98 Å
零角强度 I(0) i0617673000.00
分子量 molecular_weight202130.0 kDa
排除体积 excluded_volume250020 ų
包络体积 envelope_volume28506 ų
水化壳体积 shell_volume15141 ų
包络直径 envelope_diameter59.9 Å
壳层 Rg shell_rg22.00 Å
包络 Rg envelope_rg16.44 Å
形状 Rg shape_rg13.95 Å
总 Rg total_rg14.26 Å
总原子数 total_atoms28290
残基数 n_residues1830
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.7 Å
Rg (实空间) rg_real14.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal617700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8249
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.7 Å
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.311
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha384700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.598; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ivta_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.16 — Lamin A/C globular tail domain
家族 Family familyb.1.16.1 — Lamin A/C globular tail domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ivtA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1260 — Lamin Tail domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)