SAXSdb — 1j0n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

XANTHAN LYASE

Bacillus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9AQS0_9BACI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–752； UniProt 26–777

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1j0n
沉积日期 deposition_date	2002-11-19
结构标题 title	Crystal Structure of Bacillus sp. GL1 Xanthan Lyase that Acts on Side Chains of Xanthan
关键词 keywords	alpha/alpha barrel, anti-parallel beta-sheet, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1j0n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1j0n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1j0n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.31 Å
Rg（电子密度）	27.50 Å
总 Rg	28.27 Å
原子数	5715
残基数	752
排除体积	100610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1j0n__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	XANTHAN LYASE
分子量 formula_weight	80744.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5975

SDEFDALRIKWATLLTGGPALDPADSDIAARTDKLAQDANDYWEDMDLSSSRTYIWYALRGNGTSDNVNAVYERLRTMALAATTVGSSLYGNADLKEDILDALDWLYVNSYNSTRSRSAYNWWHWQLGIPMSLNDTAVLLYDDISAARMATYMDTIDYFTPSIGLTGANRAWQAIVVGVRAVIVKDAVKLAAARNGLSGTGIFPYATGGDGFYADGSFVQHTTFAYTGGYGSSVLETTANLMYLLSGSTWSVSDPNQSNVWQWIYEAYRPLLYKGAMMDMVRGREISRSYAQDHAVGHGIVASIVRLAQFAPAPHAAAFKQIAKRVIQEDTFSSFYGDVSTDTIRLAKAIVDDPSIAPAAAPNLYKQYAAMDRAVLQRPGFALGLALYSTRISSYESINSENGRGWYTGAGATYLYNQDLAQYSEDYWPTVDAYRIPGTTVASGTPIASGTGTSSWTGGVSLAGQYGASGMDLSYGAYNLSARKSWFMFDDEIVALGSGISSTAGIPIETVVDNRKLNGAGDNAWTANGAALSTGLGVAQTLTGVNWVHLAGNTADGSDIGYYFPGGATLQTKREARTGTWKQINNRPATPSTAVTRNYETMWIDHGTNPSGASYGYVLLPNKTSAQVGAYAADPAIEIVVNTSGVQSVKEKTLGLVGANFWTDTTQTADLITSNKKASVMTREIADERLEASVSDPTQANNGTIAIELARSAEGYSADPGITVTQLAPTIKFTVNVNGAKGKSFHASFQLG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	84635
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	250.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	260

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1j0na1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.3 — Chondroitin AC/alginate lyase
家族 Family family	a.102.3.2 — Hyaluronate lyase-like catalytic, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1j0na2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.24 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.24.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
家族 Family family	b.24.1.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1j0na3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.2 — Hyaluronate lyase-like, central domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1j0nA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	1j0nA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1j0nA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal

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晶胞边长 a length_a	54.357 Å
晶胞边长 b length_b	91.305 Å
晶胞边长 c length_c	159.258 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	27.480 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2410

Crystal Structure of Bacillus sp. GL1 Xanthan Lyase that Acts on Side Chains of Xanthan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

XANTHAN LYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1j0n__assembly_1__model_1

1j0n__assembly_1__model_1 | I(q)

1j0n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Bacillus sp. GL1 Xanthan Lyase that Acts on Side Chains of Xanthan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

XANTHAN LYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1j0n__assembly_1__model_1

1j0n__assembly_1__model_1 | I(q)

1j0n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)