1j19

Crystal structure of the radxin FERM domain complexed with the ICAM-2 cytoplasmic peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

radixin

Mus musculus

UniProt P26043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–310 片段:N-terminal domain, FERM domain 16-mer peptide from Intercellular adhesion molecule-2 × 1 (P35330) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;PEG6000, MES, NaCl, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RADI_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–310; UniProt 1–310

16-mer peptide from Intercellular adhesion molecule-2

Mus musculus

UniProt P35330

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 253–268 未记录 radixin × 1 (P26043) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;PEG6000, MES, NaCl, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ICAM2_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–16; UniProt 253–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1j19

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1j19
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1j19
沉积日期 deposition_date2002-12-02
结构标题 titleCrystal structure of the radxin FERM domain complexed with the ICAM-2 cytoplasmic peptide
关键词 keywordsprotein-peptide complex, Cell adhesion; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.99
零角强度 I(0) i024616300.00
分子量 molecular_weight38715.0 kDa
排除体积 excluded_volume48906 ų
包络体积 envelope_volume60059 ų
水化壳体积 shell_volume22975 ų
包络直径 envelope_diameter77.6
壳层 Rg shell_rg28.69
包络 Rg envelope_rg22.29
形状 Rg shape_rg21.96
总 Rg total_rg22.99
总原子数 total_atoms2734
残基数 n_residues332
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.6
Rg (实空间) rg_real23.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real2.4620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8232
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.7
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4901000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1j19a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family familya.11.2.1 — Second domain of FERM
结构域编号 domain_idd1j19a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.5 — Third domain of FERM
结构域编号 domain_idd1j19a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.4 — First domain of FERM
结构域编号 domain_idd1j19a4
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1j19A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1j19A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology80 — Acyl-CoA Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1j19A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)