1j5s

Crystal structure of uronate isomerase (TM0064) from Thermotoga maritima at 2.85 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URONATE ISOMERASE

Thermotoga maritima

UniProt Q9WXR9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UXAC_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–463; UniProt 1–451 作者链 B; PDB构建体 13–463; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 13–463; UniProt 1–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1j5s
沉积日期 deposition_date2002-07-02
结构标题 titleCrystal structure of uronate isomerase (TM0064) from Thermotoga maritima at 2.85 A resolution
关键词 keywords;TM0064, URONATE ISOMERASE, STRUCTURAL GENOMICS, JCSG, PSI, Protein Structure Initiative, Joint Center for Structural Genomics, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1j5s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1j5s__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1j5s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)33.36 Å
Rg(电子密度)32.16 Å
总 Rg32.88 Å
原子数11068
残基数1351
排除体积196870 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1j5s__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1j5sa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family familyc.1.9.8 — Uronate isomerase-like
结构域编号 domain_idd1j5sa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1j5sb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family familyc.1.9.8 — Uronate isomerase-like
结构域编号 domain_idd1j5sc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family familyc.1.9.8 — Uronate isomerase-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1j5sA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Metal-dependent hydrolases
结构域编号 domain_id1j5sA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — uronate isomerase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1j5sB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Metal-dependent hydrolases
结构域编号 domain_id1j5sB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — uronate isomerase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1j5sC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Metal-dependent hydrolases
结构域编号 domain_id1j5sC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — uronate isomerase, domain 2, chain A
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7. 引用文献 (1)