1j87

HUMAN HIGH AFFINITY FC RECEPTOR FC(EPSILON)RI(ALPHA), HEXAGONAL CRYSTAL FORM 1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON RECEPTOR ALPHA-SUBUNIT

Homo sapiens

UniProt P12319

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 4 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–197 片段:EXTRACELLULAR FRAGMENT 突变:I170C 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;PEG 4000, Sodium Citrate, Sodium Chloride, HECAMEG, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K 分辨率 3.20 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCEA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–172; UniProt 26–197

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1j87

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1j87
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1j87
沉积日期 deposition_date2001-05-20
结构标题 titleHUMAN HIGH AFFINITY FC RECEPTOR FC(EPSILON)RI(ALPHA), HEXAGONAL CRYSTAL FORM 1
关键词 keywordsImmune System, Fc Receptor, IgE receptor, Glycoprotein; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.26
零角强度 I(0) i08940610.00
分子量 molecular_weight21782.0 kDa
排除体积 excluded_volume27133 ų
包络体积 envelope_volume34244 ų
水化壳体积 shell_volume16014 ų
包络直径 envelope_diameter63.8
壳层 Rg shell_rg23.98
包络 Rg envelope_rg18.69
形状 Rg shape_rg18.24
总 Rg total_rg19.29
总原子数 total_atoms1535
残基数 n_residues168
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.8
Rg (实空间) rg_real19.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real8.9410e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8941000.0000
解质量估计 total_estimate0.8932
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.8
偏度 Skewness skewness0.215
峰度 Kurtosis kurtosis-0.460
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2805000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1j87a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains
结构域编号 domain_idd1j87a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1j87A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1j87A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)