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Molecular and Crystal Structure of D(CGCAAATTMO4CGCG): the Watson-Crick Type N4-Methoxycytidine/Adenosine Base Pair in B-DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 46.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1j8l
沉积日期 deposition_date	2001-05-22
结构标题 title	Molecular and Crystal Structure of D(CGCAAATTMO4CGCG): the Watson-Crick Type N4-Methoxycytidine/Adenosine Base Pair in B-DNA
关键词 keywords	N4-METHOXYCYTOSINE, DNA DAMAGE, B-DNA, DOUBLE HELIX, DEOXYRIBONUCLEIC ACID, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.11 Å
零角强度 I(0) i0	2791580.00
分子量 molecular_weight	7367.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7155 Å³
包络体积 envelope_volume	9675 Å³
水化壳体积 shell_volume	7115 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.2 Å
壳层 Rg shell_rg	17.00 Å
包络 Rg envelope_rg	13.28 Å
形状 Rg shape_rg	13.01 Å
总 Rg total_rg	13.86 Å
总原子数 total_atoms	489
残基数 n_residues	22
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.1 Å
Rg (实空间) rg_real	13.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7920e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2792000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	220900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.880

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	24.800 Å
晶胞边长 b length_b	40.300 Å
晶胞边长 c length_c	65.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2580

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPAPAPAPTPTP(C45)PGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3677.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	600

Molecular and Crystal Structure of D(CGCAAATTMO4CGCG): the Watson-Crick Type N4-Methoxycytidine/Adenosine Base Pair in B-DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

fit	/app/data/saxs_computation/j8/1j8l/1j8l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j8/1j8l/1j8l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j8/1j8l/1j8l.dat