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1jb4

CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M102E MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2

Rattus norvegicus

UniProt P61972

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–127 链 B； UniProt 1–127 突变：M102E 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.23 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1JB4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AR0 NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) E42K MUTANT 提交 1997-08-08 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
突变：E42K 突变：E42K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.228
1ASK NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) H66A MUTANT 提交 1997-08-11 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
突变：H66A 突变：H66A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.243
1JB2 CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M84E MUTANT 提交 2001-06-01 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
突变：M84E 突变：M84E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1JB5 CRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M118E MUTANT 提交 2001-06-01 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
突变：M118E 突变：M118E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；PEG, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1OUN CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEAR TRANSPORT FACTOR 2 (NTF2) 提交 1996-02-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.230
1U5O Structure of the D23A mutant of the nuclear transport carrier NTF2 提交 2004-07-28 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
突变：D23A 突变：D23A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5BXQ Structure of the NTF2:RanGDP complex 提交 2015-06-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–127（127 aa）
链 B 1–127（127 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Li2SO4, 50 mM Na Citrate pH5.6, 15% PEG4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.225

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NTF2_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jb4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jb4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jb4
沉积日期 deposition_date2001-06-01
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF NTF2 M102E MUTANT
关键词 keywordsNTF2, Transport, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.64 Å
零角强度 I(0) i014046400.00
分子量 molecular_weight28158.0 kDa
排除体积 excluded_volume35223 ų
包络体积 envelope_volume39824 ų
水化壳体积 shell_volume18641 ų
包络直径 envelope_diameter60.9 Å
壳层 Rg shell_rg24.22 Å
包络 Rg envelope_rg18.04 Å
形状 Rg shape_rg17.64 Å
总 Rg total_rg18.65 Å
总原子数 total_atoms1986
残基数 n_residues246
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9 Å
Rg (实空间) rg_real18.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14050000.0000
解质量估计 total_estimate0.8131
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0 Å
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.316
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4205000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1jb4a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.2 — NTF2-like
结构域编号 domain_idd1jb4b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.2 — NTF2-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1jb4A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
结构域编号 domain_id1jb4B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)