SAXSdb — 1jbr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restrictocin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 28–176	未记录	5'-R(GPCPGPCPUPCPCPUPCPAPGPUPAPCPGPAPGP(A23))-3' × 1 5'-R(GPGPAPAPCPCPGPGPAPGPCPGP*C)-3' × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K-MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.290
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 28–176	未记录	31-mer SRD RNA analog × 1 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K-MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JBR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AQZ CRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN 提交 1997-08-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–176（149 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion and microdialysis；pH 6.8；A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis	分辨率 1.70 Å R-free 0.177
1AQZ CRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN 提交 1997-08-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–176（149 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion and microdialysis；pH 6.8；A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis	分辨率 1.70 Å R-free 0.177
1JBT CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOTOXIN RESTRICTOCIN COMPLEXED WITH A 29-MER SARCIN/RICIN DOMAIN RNA ANALOG 提交 2001-06-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 28–176（149 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K.MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
1JBT CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOTOXIN RESTRICTOCIN COMPLEXED WITH A 29-MER SARCIN/RICIN DOMAIN RNA ANALOG 提交 2001-06-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 28–176（149 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG5000, K.MES, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.282

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNMG_ASPRE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jbr
沉积日期 deposition_date	2001-06-06
结构标题 title	Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor
关键词 keywords	;protein-RNA interaction, specific recognition, restrictocin, ribosomal RNA, sarcin/ricin domain, base flipping, HYDROLASE-RNA COMPLEX ;; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.63 Å
零角强度 I(0) i0	73576400.00
分子量 molecular_weight	54004.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60773 Å³
包络体积 envelope_volume	96923 Å³
水化壳体积 shell_volume	21282 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.57 Å
包络 Rg envelope_rg	42.93 Å
形状 Rg shape_rg	44.82 Å
总 Rg total_rg	44.01 Å
总原子数 total_atoms	3715
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.1 Å
Rg (实空间) rg_real	41.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5976
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.491
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.898
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1521000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.237; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.036; Smooth: 0.020

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(GPCPGPCPUPCPCPUPCPAPGPUPAPCPGPAPGP(A23))-3'
分子量 formula_weight	5809.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3883

GCGCUCCUCAGUACGAGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(GPGPAPAPCPCPGPGPAPGPCPGP*C)-3'
分子量 formula_weight	4234.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGAACCGGAGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	31-mer SRD RNA analog
分子量 formula_weight	10027.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGCUCCUCAGUACGAGAGGAACCGGAGCGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Restrictocin
分子量 formula_weight	16889.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ATWTCINQQLNPKTNKWEDKRLLYSQAKAESNSHHAPLSDGKTGSSYPHWFTNGYDGNGKLIKGRTPIKFGKADCDRPPKHSQNGMGKDDHYLLEFPTFPDGHDYKFDSKKPKEDPGPARVIYTYPNKVFCGIVAHQRGNQGDLRLCSH

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jbra_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.3 — Ribotoxin

结构域编号 domain_id	d1jbrb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.3 — Ribotoxin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jbrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1jbrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.400 Å
晶胞边长 b length_b	109.700 Å
晶胞边长 c length_c	40.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2900

fit	/app/data/saxs_computation/jb/1jbr/1jbr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jb/1jbr/1jbr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jb/1jbr/1jbr.dat

Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restrictocin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)