SAXSdb — 1jbr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restrictocin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	5'-R(GPCPGPCPUPCPCPUPCPAPGPUPAPCPGPAPGP(A23))-3' × 1 5'-R(GPGPAPAPCPCPGPGPAPGPCPGP*C)-3' × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	31-mer SRD RNA analog × 1 POTASSIUM ION × 3 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNMG_ASPRE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 28–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jbr
沉积日期 deposition_date	2001-06-06
结构标题 title	Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor
关键词 keywords	;protein-RNA interaction, specific recognition, restrictocin, ribosomal RNA, sarcin/ricin domain, base flipping, HYDROLASE-RNA COMPLEX ;; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jbr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jbr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jbr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.39 Å
Rg（电子密度）	20.73 Å
总 Rg	21.54 Å
原子数	1857
残基数	179
排除体积	30338 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jbr__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jbr__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(GPCPGPCPUPCPCPUPCPAPGPUPAPCPGPAPGP(A23))-3'
分子量 formula_weight	5809.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	3883

GCGCUCCUCAGUACGAGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(GPGPAPAPCPCPGPGPAPGPCPGP*C)-3'
分子量 formula_weight	4234.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGAACCGGAGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	31-mer SRD RNA analog
分子量 formula_weight	10027.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGCUCCUCAGUACGAGAGGAACCGGAGCGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Restrictocin
分子量 formula_weight	16889.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ATWTCINQQLNPKTNKWEDKRLLYSQAKAESNSHHAPLSDGKTGSSYPHWFTNGYDGNGKLIKGRTPIKFGKADCDRPPKHSQNGMGKDDHYLLEFPTFPDGHDYKFDSKKPKEDPGPARVIYTYPNKVFCGIVAHQRGNQGDLRLCSH

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jbra_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.3 — Ribotoxin

结构域编号 domain_id	d1jbrb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.3 — Ribotoxin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jbrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1jbrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

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晶胞边长 a length_a	60.400 Å
晶胞边长 b length_b	109.700 Å
晶胞边长 c length_c	40.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2900

Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restrictocin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jbr__assembly_1__model_1

1jbr__assembly_1__model_1 | I(q)

1jbr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Ribotoxin Restrictocin and a 31-mer SRD RNA Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restrictocin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jbr__assembly_1__model_1

1jbr__assembly_1__model_1 | I(q)

1jbr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)