SAXSdb — 1jf9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SELENOCYSTEINE LYASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–406	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；4M NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JF9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C0N CSDB PROTEIN, NIFS HOMOLOGUE 提交 1999-07-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；sodium acetate, pottasium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.239
1KMJ E. coli NifS/CsdB protein at 2.0A with the cysteine persulfide intermediate (residue CSS). 提交 2001-12-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；4M NACL, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
1KMK E. coli NifS/CsdB protein at 2.20A with the cysteine perselenide intermediate (residue CSZ). 提交 2001-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SEC SELENOCYSTEINE × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；4M NACL, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
5DB5 Crystal structure of PLP-bound E. coli SufS (cysteine persulfide intermediate) in space group P21 提交 2015-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）链 B 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CYS CYSTEINE × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1:1 or 1:2 protein to reservoir solution (4% PEG3350, 200 mM ammonium citrate), crystals grown over 3 days, cryoprotectant: reservoir solution + 10% PEG400	分辨率 2.75 Å R-free 0.217
6MR2 E. coli cysteine desulfurase SufS with a cysteine persulfide intermediate 提交 2018-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.40 Å R-free 0.191
6MR6 E. coli cysteine desulfurase SufS H55A with a cysteine persulfide intermediate 提交 2018-10-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：H55A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.02 Å R-free 0.202
6MRE E. coli cysteine desulfurase SufS R92A with a cysteine persulfide intermediate 提交 2018-10-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：R92A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.50 Å R-free 0.199
6MRH E. coli cysteine desulfurase SufS E96A with a cysteine persulfide intermediate 提交 2018-10-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：E96A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.02 Å R-free 0.212
6MRI E. coli cysteine desulfurase SufS E250A with a cysteine persulfide intermediate 提交 2018-10-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：E250A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.62 Å R-free 0.220
6O10 E. coli cysteine desulfurase SufS 提交 2019-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
6O11 E. coli cysteine desulfurase SufS C364A with a Cys-aldimine intermediate 提交 2019-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：C364A	CL CHLORIDE ION × 2 C6P N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-L-CYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20-30% w/v PEG3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride	分辨率 1.84 Å R-free 0.216
6O12 E. coli cysteine desulfurase SufS H123A 提交 2019-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：H123A	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.05 Å R-free 0.216
6O13 E. coli cysteine desulfurase SufS H123A with a Cys-ketimine intermediate 提交 2019-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：H123A	CKT Cys-ketimine × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M sodium chloride, 100 mM MES	分辨率 2.20 Å R-free 0.199
6UY5 E. coli cysteine desulfurase SufS with a spontaneously rotated beta-hairpin 提交 2019-11-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）链 B 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1M Bis-Tris HCl pH 5.5, 23.3% w/v PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.221
8VBS E. coli cysteine desulfurase SufS bound to SufE C51A 提交 2023-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–406（406 aa）链 B 1–406（406 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24.5-31.5% w/v PEG2000 MME, 0.1 M KSCN	分辨率 3.31 Å R-free 0.272
9D2D E. coli cysteine desulfurase SufS R359A 提交 2024-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–406（406 aa）	突变：R359A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；4-4.5 M NaCl, 100 mM MES pH 6.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.245

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUFS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–408； UniProt 1–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jf9
沉积日期 deposition_date	2001-06-20
结构标题 title	Crystal Structure of selenocysteine lyase
关键词 keywords	;NIFS, SELENOCYSTEINE, CYSTEINE, PURSULFIDE, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.14 Å
零角强度 I(0) i0	33636300.00
分子量 molecular_weight	44523.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55618 Å³
包络体积 envelope_volume	64774 Å³
水化壳体积 shell_volume	24325 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.07 Å
包络 Rg envelope_rg	22.60 Å
形状 Rg shape_rg	22.16 Å
总 Rg total_rg	22.92 Å
总原子数 total_atoms	3134
残基数 n_residues	405
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8663
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7913000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.949

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SELENOCYSTEINE LYASE
分子量 formula_weight	44624.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3713

GSMIFSVDKVRADFPVLSREVNGLPLAYLDSAASAQKPSQVIDAEAEFYRHGYAAVHRGIHTLSAQATEKMENVRKRASLFINARSAEELVFVRGTTEGINLVANSWGNSNVRAGDNIIISQMEHHANIVPWQMLCARVGAELRVIPLNPDGTLQLETLPTLFDEKTRLLAITHVSNVLGTENPLAEMITLAHQHGAKVLVDGAQAVMHHPVDVQALDCDFYVFSGHKLYGPTGIGILYVKEALLQEMPPWEGGGSMIATVSLSEGTTWTKAPWRFEAGTPNTGGIIGLGAALEYVSALGLNNIAEYEQNLMHYALSQLESVPDLTLYGPQNRLGVIAFNLGKHHAYDVGSFLDNYGIAVRTGHHCAMPLMAYYNVPAMCRASLAMYNTHEEVDRLVTGLQRIHRLLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	579

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1jf9a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jf9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1jf9A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.375 Å
晶胞边长 b length_b	126.375 Å
晶胞边长 c length_c	133.578 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2067

fit	/app/data/saxs_computation/jf/1jf9/1jf9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jf/1jf9/1jf9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jf/1jf9/1jf9.dat

Crystal Structure of selenocysteine lyase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SELENOCYSTEINE LYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction