SAXSdb — 1jfi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription Regulator NC2 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	5'-D(TPTPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPCPTPCPC)-3' × 1 5'-D(GGPAPGPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPAPA)-3' × 1 Transcription Regulator NC2 beta chain × 1 （Q01658） TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP) × 1 （P20226） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77

Transcription Regulator NC2 beta chain

Homo sapiens

UniProt Q01658

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	5'-D(TPTPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPCPTPCPC)-3' × 1 5'-D(GGPAPGPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPAPA)-3' × 1 Transcription Regulator NC2 alpha chain × 1 （Q14919） TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP) × 1 （P20226） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–179； UniProt 1–176

TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP)

Homo sapiens

UniProt P20226

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	5'-D(TPTPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPCPTPCPC)-3' × 1 5'-D(GGPAPGPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPAPA)-3' × 1 Transcription Regulator NC2 alpha chain × 1 （Q14919） Transcription Regulator NC2 beta chain × 1 （Q01658） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–185； UniProt 159–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jfi
沉积日期 deposition_date	2001-06-20
结构标题 title	Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary Complex
关键词 keywords	;Histone, H2A/H2B, TBP, TATA-DNA, transcription initiation, NC2, Negative Cofactor, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jfi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jfi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jfi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.69 Å
Rg（电子密度）	25.63 Å
总 Rg	26.21 Å
原子数	3734
残基数	417
排除体积	64980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jfi__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPGPGPCPTPAPTPAPAPAPAPGPGPGPCPTPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	5844.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	3743

TTGGCTATAAAAGGGCTCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GGPAPGPCPCPCPTPTPTPTPAPTPAPGPCPCPAP*A)-3'
分子量 formula_weight	5804.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGAGCCCTTTTATAGCCAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcription Regulator NC2 alpha chain
分子量 formula_weight	10813.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MPSKKKKYNARFPPARIKKIMQTDEEIGKVAAAVPVIISRALELFLESLLKKACQVTQSRNAKTMTTSHLKQCIELEGDPAANKARKEAELAAATAEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription Regulator NC2 beta chain
分子量 formula_weight	19755.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMASSSGNDDDLTIPRAAINKMIKETLPNVRVANDARELVVNCCTEFIHLISSEANEICNKSEKKTISPEHVIQALESLGFGSYISEVKEVLQECKTVALKRRKASSRLENLGIPEEELLRQQQELFAKARQQQAELAQQEWLQMQQAAQQAQLAAASASASNQAGSSQDEEDDDDI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP)
分子量 formula_weight	20856.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSHMSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTTALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQFSSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1jfia_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs

结构域编号 domain_id	d1jfib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.3 — TBP-associated factors, TAFs

结构域编号 domain_id	d1jfic1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1jfic2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1jfic3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1jfiA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1jfiB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	1jfiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1jfiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

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晶胞边长 a length_a	76.684 Å
晶胞边长 b length_b	119.075 Å
晶胞边长 c length_c	155.076 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	19.840 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2770

Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription Regulator NC2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription Regulator NC2 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jfi__assembly_1__model_1

1jfi__assembly_1__model_1 | I(q)

1jfi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the NC2-TBP-DNA Ternary Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription Regulator NC2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription Regulator NC2 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TATA-BOX-BINDING PROTEIN (TBP)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jfi__assembly_1__model_1

1jfi__assembly_1__model_1 | I(q)

1jfi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)