1jku

Crystal Structure of Manganese Catalase from Lactobacillus plantarum

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pseudocatalase

物种未注明

UniProt P60355

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 CALCIUM ION × 6 HYDROXIDE ION × 18 MANGANESE (III) ION × 12 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCAT_LACPL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266 作者链 B; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266 作者链 C; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266 作者链 D; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266 作者链 E; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266 作者链 F; PDB构建体 1–266; UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jku
沉积日期 deposition_date2001-07-13
结构标题 titleCrystal Structure of Manganese Catalase from Lactobacillus plantarum
关键词 keywordshexamer, catalase dimanganese, metalloenzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jku__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jku__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jku__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.88 Å
Rg(电子密度)30.90 Å
总 Rg31.65 Å
原子数12540
残基数1596
排除体积220450 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1jku__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1jkua_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)
结构域编号 domain_idd1jkub_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)
结构域编号 domain_idd1jkuc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)
结构域编号 domain_idd1jkud_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)
结构域编号 domain_idd1jkue_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)
结构域编号 domain_idd1jkuf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id1jkuA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1jkuB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1jkuC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1jkuD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1jkuE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
结构域编号 domain_id1jkuF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1jkuF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — manganese catalase, domain 2, chain A
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7. 引用文献 (1)