1jm0

CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	2 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	2 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	2 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jm0
沉积日期 deposition_date	2001-07-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL
关键词 keywords	ALPHA-HELICAL BUNDLE, PROTEIN DESIGN, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jm0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jm0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jm0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.24 Å
Rg（电子密度）	13.25 Å
总 Rg	14.48 Å
原子数	833
残基数	96
排除体积	15323 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jm0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jm0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jm0__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (FOUR-HELIX BUNDLE MODEL)
分子量 formula_weight	5828.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	2753

XDYLRELLKLELQAIKQYREALEYVKLPVLAKILEDEEKHIEWLETILGX

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1jm0a_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

结构域编号 domain_id	d1jm0b_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

结构域编号 domain_id	d1jm0c_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

结构域编号 domain_id	d1jm0d_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

结构域编号 domain_id	d1jm0e_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

结构域编号 domain_id	d1jm0f_
类 Class class	k — Designed proteins
折叠类型 Fold fold	k.8 — Designed four-helix bundle protein
超家族 Superfamily superfamily	k.8.1 — Designed four-helix bundle protein
家族 Family family	k.8.1.1 — Designed four-helix bundle protein

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jm0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	1jm0B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	1jm0C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	1jm0D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	1jm0E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	1jm0F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

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晶胞边长 a length_a	37.380 Å
晶胞边长 b length_b	80.120 Å
晶胞边长 c length_c	99.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.100 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2480