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1jmj

Crystal Structure of Native Heparin Cofactor II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPARIN COFACTOR II

物种未注明

UniProt P05546

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–499 链 B； UniProt 20–499 未记录 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；MgCl2, Tris, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1JMJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JMO Crystal Structure of the Heparin Cofactor II-S195A Thrombin Complex 提交 2001-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–499（480 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；NH4Cl, PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.211
2NAT Structural insights into interaction of KYE28 and lipopolysachharide 提交 2016-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–219（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM entity-1, 1 mM TSP-2, 55.5 mM H2O-3, 61.3 mM D2O-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCU NMR structure of KYE21 in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–212（21 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCV NMR structure of RWS21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–212（21 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
突变：L192R, Y193W, E194S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCW NMR structure of WWWKYE21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 189–212（24 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 189-212
突变：L192R, Y193W, E194S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6J12 Three-dimensional Solution NMR Structure of KYE28-PEG48 in Microgel 提交 2018-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–219（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.52；298 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 9.8
NMR样品组成 1 mM KYE28-PEG48, 55.5 M Water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6KBO Three-dimensional LPS bound structure of VG16KRKP-KYE28. 提交 2019-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–219（28 aa） 片段：Helix-D
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1
NMR样品组成 0.3 mM 1H, Natural Abundance VG16KRKP, 0.3 mM 1H, Natural Abundance KYE28, 55.55 M 1H, Natural Abundance Water, 10 uM 1H, Natural Abundance Lipopolysaccharide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6KBV Three-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRKP-KYE28 提交 2019-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–219（28 aa） 片段：helix D
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1
NMR样品组成 0.3 uM 1H, natural abundance VG16KRKP, 0.3 uM 1H, natural abundance KYE28, 12 uM 1H, natural abundance 3:1 POPE/POPG vesicles, 55.55 M 1H, natural abundance water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–480； UniProt 20–499 作者链 B； PDB构建体 1–480； UniProt 20–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jmj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jmj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jmj
沉积日期 deposition_date2001-07-18
结构标题 titleCrystal Structure of Native Heparin Cofactor II
关键词 keywordsserpin, THROMBIN INHIBITOR, HEPARIN, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.99 Å
零角强度 I(0) i0123193000.00
分子量 molecular_weight91447.0 kDa
排除体积 excluded_volume115660 ų
包络体积 envelope_volume140510 ų
水化壳体积 shell_volume36328 ų
包络直径 envelope_diameter123.9 Å
壳层 Rg shell_rg38.15 Å
包络 Rg envelope_rg34.00 Å
形状 Rg shape_rg33.98 Å
总 Rg total_rg34.34 Å
总原子数 total_atoms6426
残基数 n_residues784
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.8 Å
Rg (实空间) rg_real34.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal123200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7947
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3 Å
偏度 Skewness skewness0.569
峰度 Kurtosis kurtosis-0.263
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha57740000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.635; Smooth: 0.731
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1jmja_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamilye.1.1 — Serpins
家族 Family familye.1.1.1 — Serpins
结构域编号 domain_idd1jmjb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamilye.1.1 — Serpins
家族 Family familye.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1jmjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id1jmjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
结构域编号 domain_id1jmjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id1jmjB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)