SAXSdb — 1jpx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp41 envelope protein

Simian immunodeficiency virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87972_SIVCZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–40； UniProt 555–594 作者链 A； PDB构建体 47–84； UniProt 637–674 作者链 D； PDB构建体 1–40； UniProt 555–594 作者链 D； PDB构建体 47–84； UniProt 637–674 作者链 G； PDB构建体 1–40； UniProt 555–594 作者链 G； PDB构建体 47–84； UniProt 637–674

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jpx
沉积日期 deposition_date	2001-08-03
结构标题 title	Mutation that destabilize the gp41 core: determinants for stabilizing the SIV/CPmac envelope glycoprotein complex. Wild type.
关键词 keywords	GP41, SIV, HIV-1, MEMBRANE FUSION, SIX-HELIX BUNDLE, TRIMER-of-HAIRPINS, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jpx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jpx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jpx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.74 Å
Rg（电子密度）	16.48 Å
总 Rg	17.40 Å
原子数	1437
残基数	177
排除体积	25401 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jpx__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jpx__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jpx__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1jpxa_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1jpxd_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

结构域编号 domain_id	d1jpxg_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family family	h.3.2.1 — Virus ectodomain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1jpxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1jpxD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

结构域编号 domain_id	1jpxG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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晶胞边长 a length_a	54.993 Å
晶胞边长 b length_b	54.993 Å
晶胞边长 c length_c	131.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	44.770 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2830

描述 description	gp41 envelope protein
分子量 formula_weight	9863.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	1469

Mutation that destabilize the gp41 core: determinants for stabilizing the SIV/CPmac envelope glycoprotein complex. Wild type.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp41 envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jpx__assembly_1__model_1

1jpx__assembly_1__model_1 | I(q)

1jpx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11723
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

Mutation that destabilize the gp41 core: determinants for stabilizing the SIV/CPmac envelope glycoprotein complex. Wild type.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp41 envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jpx__assembly_1__model_1

1jpx__assembly_1__model_1 | I(q)

1jpx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)