SAXSdb — 1js8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemocyanin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ; × 1 alpha-D-mannopyranose × 1 CU2-O2 CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose × 1 CU2-O2 CLUSTER × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCYG_OCTDO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 2503–2896 作者链 B； PDB构建体 1–394； UniProt 2503–2896

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1js8
沉积日期 deposition_date	2001-08-16
结构标题 title	Structure of a Functional Unit from Octopus Hemocyanin
关键词 keywords	GLYCOPROTEIN, MOLLUSC, OXYGEN-TRANSPORT, THIOETHER BOND, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1js8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1js8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1js8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.78 Å
Rg（电子密度）	20.63 Å
总 Rg	21.63 Å
原子数	3165
残基数	382
排除体积	55879 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1js8__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1js8__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemocyanin
分子量 formula_weight	44810.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6593

AIIRKNVNSLTPSDIKELRDAMAKVQADTSDNGYQKIASYHGIPLSCHYENGTAYACCQHGMVTFPNWHRLLTKQMEDALVAKGSHVGIPYWDWTTTFANLPVLVTEEKDNSFHHAHIDVANTDTTRSPRAQLFDDPDKGDKSFFYRQIALALEQTDFCDFEIQFEIGHNAIHSWVGGSSPYGMSTLHYTSYDPLFYLHHSNTDRIWSVWQALQKYRGLPYNTANCEINKLVKPLKPFNLDTNPNAVTKAHSTGATSFDYHKLGYDYDNLNFHGMTIPELEEHLKEIQHEDRVFAGFLLRTIGQSADVNFDVCTKDGECTFGGTFCILGGEHEMFWAFDRLFKYDITTSLKHLRLDAHDDFDIKVTIKGIDGHVLSNKYLSPPTVFLAPAKTTH

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CU2-O2 CLUSTER
分子量 formula_weight	159.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	296

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1js8a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.86 — Di-copper centre-containing domain
超家族 Superfamily superfamily	a.86.1 — Di-copper centre-containing domain
家族 Family family	a.86.1.1 — Hemocyanin middle domain

结构域编号 domain_id	d1js8a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.112 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin
超家族 Superfamily superfamily	b.112.1 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin
家族 Family family	b.112.1.1 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin

结构域编号 domain_id	d1js8b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.86 — Di-copper centre-containing domain
超家族 Superfamily superfamily	a.86.1 — Di-copper centre-containing domain
家族 Family family	a.86.1.1 — Hemocyanin middle domain

结构域编号 domain_id	d1js8b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.112 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin
超家族 Superfamily superfamily	b.112.1 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin
家族 Family family	b.112.1.1 — C-terminal domain of mollusc hemocyanin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1js8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	1js8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — Hemocyanin; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haemocyanin C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1js8B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — di-copper center containing domain from catechol oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Di-copper center containing domain from catechol oxidase

结构域编号 domain_id	1js8B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — Hemocyanin; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haemocyanin C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	92.860 Å
晶胞边长 b length_b	168.390 Å
晶胞边长 c length_c	58.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2620

Structure of a Functional Unit from Octopus Hemocyanin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemocyanin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1js8__assembly_1__model_1

1js8__assembly_1__model_1 | I(q)

1js8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a Functional Unit from Octopus Hemocyanin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemocyanin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1js8__assembly_1__model_1

1js8__assembly_1__model_1 | I(q)

1js8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)