1jws

Crystal Structure of the Complex of the MHC Class II Molecule HLA-DR1 (HA peptide 306-318) with the Superantigen SEC3 Variant 3B1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain × 1 （P04229） HA peptide × 1 Enterotoxin type C-3 × 1 （P0A0L5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2DRA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 26–207

HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain

Homo sapiens

UniProt P04229

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） HA peptide × 1 Enterotoxin type C-3 × 1 （P0A0L5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2B11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–190； UniProt 30–219

Enterotoxin type C-3

Staphylococcus aureus

UniProt P0A0L5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 （P01903） HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain × 1 （P04229） HA peptide × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTC3_STAAU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–239； UniProt 28–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jws
沉积日期 deposition_date	2001-09-05
结构标题 title	Crystal Structure of the Complex of the MHC Class II Molecule HLA-DR1 (HA peptide 306-318) with the Superantigen SEC3 Variant 3B1
关键词 keywords	HLA-DR1 alpha subunit, HLA-DR1 beta subunit, Mutation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jws__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jws__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jws__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.35 Å
Rg（电子密度）	29.60 Å
总 Rg	30.25 Å
原子数	5007
残基数	612
排除体积	88555 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jws__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
分子量 formula_weight	21155.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5148

IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITNVPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain
分子量 formula_weight	22080.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GDTRPRFLWQLKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVEPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HA peptide
分子量 formula_weight	1506.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PKYVKQNTLKLAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Enterotoxin type C-3
分子量 formula_weight	27660.0 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ESQPDPMPDDLHKSSEFTGTMGNMKYLYDDHYVSATKVKSVDGMFNWDLIYNISDKKLKNYDKVKTELLNEDLAKKYKDEVVDVYGSNYYVNCYFSSKDNVGKVTGGKTCMYGGITKHEGNHFDNGNLQNVLVRVYENKRNTISFEVQTDKKSVTAQELDIKARNFLINKKNLYEFNSSPYETGYIKFIENNGNTFWYDMMPAPGDKFDQSKYLMMYNDNKTVDSKSVKIEVHLTTKNG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1jwsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1jwsa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1jwsb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1jwsb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1jwsd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1jwsd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jwsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1jwsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1jwsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1jwsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1jwsD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1jwsD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	170.395 Å
晶胞边长 b length_b	170.395 Å
晶胞边长 c length_c	120.812 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	14.990 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2320

Crystal Structure of the Complex of the MHC Class II Molecule HLA-DR1 (HA peptide 306-318) with the Superantigen SEC3 Variant 3B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Enterotoxin type C-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jws__assembly_1__model_1

1jws__assembly_1__model_1 | I(q)

1jws__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Complex of the MHC Class II Molecule HLA-DR1 (HA peptide 306-318) with the Superantigen SEC3 Variant 3B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class II histocompatibility antigen, DR-1 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enterotoxin type C-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jws__assembly_1__model_1

1jws__assembly_1__model_1 | I(q)

1jws__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)