1jym

Crystals of Peptide Deformylase from Plasmodium falciparum with Ten Subunits per Asymmetric Unit Reveal Critical Characteristics of the Active Site for Drug Design

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide Deformylase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	COBALT (II) ION × 10 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8I372_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 B； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 C； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 D； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 E； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 F； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 G； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 H； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 I； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239 作者链 J； PDB构建体 1–175； UniProt 63–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jym
沉积日期 deposition_date	2001-09-12
结构标题 title	Crystals of Peptide Deformylase from Plasmodium falciparum with Ten Subunits per Asymmetric Unit Reveal Critical Characteristics of the Active Site for Drug Design
关键词 keywords	PDF, malaria, plasmodium, deformylation, metalloenzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jym__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jym__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.98 Å
Rg（电子密度）	52.54 Å
总 Rg	52.51 Å
原子数	14407
残基数	1706
排除体积	260570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jym__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptide Deformylase
分子量 formula_weight	21821.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	14584

DEIKIVKYPDPILRRRSEVTNFDDNLKRVVRKMFDIMYESKGIGLSAPQVNISKRIIVWNALYEKRKEENERIFINPSIVEQSLVKLKLIEGCLSFGIEGKVERPSIVSISYYDINGYKHLKILKGIHSRIFQHEFDHLNGTLFIDKMTQVDKKKVRPKLNELIRDYKATHSEEPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d1jyma1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jyma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jymb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jymc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jyme1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jyme2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jymf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	d1jymj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamily	d.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family family	d.167.1.1 — Peptide deformylase

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1jymA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	1jymJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

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晶胞边长 a length_a	121.263 Å
晶胞边长 b length_b	121.263 Å
晶胞边长 c length_c	177.272 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2339
R_work r_work	0.2306
R_free r_free	0.2960

Crystals of Peptide Deformylase from Plasmodium falciparum with Ten Subunits per Asymmetric Unit Reveal Critical Characteristics of the Active Site for Drug Design

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide Deformylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jym__assembly_1__model_1

1jym__assembly_1__model_1 | I(q)

1jym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystals of Peptide Deformylase from Plasmodium falciparum with Ten Subunits per Asymmetric Unit Reveal Critical Characteristics of the Active Site for Drug Design

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide Deformylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jym__assembly_1__model_1

1jym__assembly_1__model_1 | I(q)

1jym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (2)