1jyo

Structure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex with its Secretion Chaperone SicP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SicP

Salmonella typhimurium

UniProt O85300

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 protein tyrosine phosphatase SptP × 2 (P74873) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SICP_SALTY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–130; UniProt 2–116 作者链 B; PDB构建体 16–130; UniProt 2–116 作者链 C; PDB构建体 16–130; UniProt 2–116 作者链 D; PDB构建体 16–130; UniProt 2–116

protein tyrosine phosphatase SptP

Salmonella typhimurium

UniProt P74873

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 SicP × 4 (O85300) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTP_SALTY
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–105; UniProt 35–139 作者链 F; PDB构建体 1–105; UniProt 35–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jyo
沉积日期 deposition_date2001-09-12
结构标题 titleStructure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex with its Secretion Chaperone SicP
关键词 keywords;Salmonella, bacterial pathogenesis, infectious disease, virulence factor, type III secretion, chaperone, unfolded, protein folding, SptP, SicP ;; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jyo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jyo__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jyo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)37.05 Å
Rg(电子密度)37.56 Å
总 Rg37.58 Å
原子数5706
残基数726
排除体积102670 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1jyo__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1jyoa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family familyd.198.1.1 — Type III secretory system chaperone
结构域编号 domain_idd1jyob_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family familyd.198.1.1 — Type III secretory system chaperone
结构域编号 domain_idd1jyoc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family familyd.198.1.1 — Type III secretory system chaperone
结构域编号 domain_idd1jyod_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamilyd.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family familyd.198.1.1 — Type III secretory system chaperone
结构域编号 domain_idd1jyoe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family familyd.184.1.2 — Type III secretory system effector
结构域编号 domain_idd1jyof_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilyd.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family familyd.184.1.2 — Type III secretory system effector

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1jyoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1jyoB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1jyoC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1jyoD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1jyoE00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology1330 — non globular Virulence effector SptP fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — non globular Virulence effector SptP domain
结构域编号 domain_id1jyoF00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology1330 — non globular Virulence effector SptP fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — non globular Virulence effector SptP domain
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7. 引用文献 (1)