SAXSdb — 1jyo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SicP

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–116 链 B； UniProt 2–116 链 C； UniProt 2–116 链 D； UniProt 2–116	未记录	protein tyrosine phosphatase SptP × 2 （P74873）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2M sodium chloride, 5-10% polyethylene glycol molecular weight 6000 (PEG6000), supplemented with 2mM DTT and 15% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SICP_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–130； UniProt 2–116 作者链 B； PDB构建体 16–130； UniProt 2–116 作者链 C； PDB构建体 16–130； UniProt 2–116 作者链 D； PDB构建体 16–130； UniProt 2–116

protein tyrosine phosphatase SptP

Salmonella typhimurium

UniProt P74873

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 35–139 链 F； UniProt 35–139	未记录	SicP × 4 （O85300）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2M sodium chloride, 5-10% polyethylene glycol molecular weight 6000 (PEG6000), supplemented with 2mM DTT and 15% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JYO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1G4U CRYSTAL STRUCTURE OF THE SALMONELLA TYROSINE PHOSPHATASE AND GTPASE ACTIVATING PROTEIN SPTP BOUND TO RAC1 提交 2000-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 161–543（383 aa）片段：SPTP RESIDUES 161-543	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；18 %PEG 400, 0.1M MES, 15mM sodium flouride, 0.1mM aluminum chloride, 2mM DTT, 2mM magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1G4W CRYSTAL STRUCTURE OF THE SALMONELLA TYROSINE PHOSPHATASE AND GTPASE ACTIVATING PROTEIN SPTP 提交 2000-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 161–543（383 aa）片段：SPTP RESIDUES 161-543	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；3.5M sodium formate, 2mM DTT, 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.314

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPTP_SALTY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 F； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jyo
沉积日期 deposition_date	2001-09-12
结构标题 title	Structure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex with its Secretion Chaperone SicP
关键词 keywords	;Salmonella, bacterial pathogenesis, infectious disease, virulence factor, type III secretion, chaperone, unfolded, protein folding, SptP, SicP ;; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.56 Å
零角强度 I(0) i0	95273900.00
分子量 molecular_weight	81119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102670 Å³
包络体积 envelope_volume	132400 Å³
水化壳体积 shell_volume	32160 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.06 Å
包络 Rg envelope_rg	37.65 Å
形状 Rg shape_rg	37.58 Å
总 Rg total_rg	37.58 Å
总原子数 total_atoms	5706
残基数 n_residues	726
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	95240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7061
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.407; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.236; Smooth: 0.723

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SicP
分子量 formula_weight	14457.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6335

LQAHQDIIANIGEKLGLPLTFDDNNQCLLLLDSDIFTSIEAKDDIWLLNGMIIPLSPVCGDSIWRQIMVINGELAANNEGTLAYIDAAETLLLIHAITDLTNTYHIISQLESFVNQQEALKNILQEYAKV

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	protein tyrosine phosphatase SptP
分子量 formula_weight	11966.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

TDKAYVAPEKFSSKVLTWLGKMPLFKNTEVVQKHTENIRVQDQKILQTFLHALTEKYGETAVNDALLMSRINMNKPLTQRLAVQITECVKAADEGFINLIKSKDN

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	629

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1jyoa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1jyob_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1jyoc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1jyod_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1jyoe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

结构域编号 domain_id	d1jyof_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jyoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jyoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jyoC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jyoD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jyoE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1330 — non globular Virulence effector SptP fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — non globular Virulence effector SptP domain

结构域编号 domain_id	1jyoF00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1330 — non globular Virulence effector SptP fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — non globular Virulence effector SptP domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.489 Å
晶胞边长 b length_b	49.582 Å
晶胞边长 c length_c	138.142 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2580

fit	/app/data/saxs_computation/jy/1jyo/1jyo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jy/1jyo/1jyo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jy/1jyo/1jyo.dat

Structure of the Salmonella Virulence Effector SptP in Complex with its Secretion Chaperone SicP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SicP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

protein tyrosine phosphatase SptP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)