SAXSdb — 1k2d

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–179	片段：EXTRACELLULAR ALPHA-1 AND ALPHA-2 DOMAINS	H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain × 1 （P06344） Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；296 K；MPEG 5000, sodium chloride, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K2D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U3H Crystal structure of mouse TCR 172.10 complexed with MHC class II I-Au molecule at 2.4 A 提交 2004-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–179（179 aa）片段：extracellular alpha-1, extracellular alpha-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；21% PEG 3350, 0.1M Hepes and 0.2M LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.274
1U3H Crystal structure of mouse TCR 172.10 complexed with MHC class II I-Au molecule at 2.4 A 提交 2004-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–179（179 aa）片段：extracellular alpha-1, extracellular alpha-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；21% PEG 3350, 0.1M Hepes and 0.2M LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.274
2P24 I-Au/MBP125-135 提交 2007-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；0.1 M NaOAc, 25% (w/v) PEG 1000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.15 Å R-free 0.260
2PXY Crystal structures of immune receptor complexes 提交 2007-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–178（178 aa）片段：extracellular alpha-1, extracellular alpha-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid (pH7.0), 16% polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.23 Å R-free 0.253
2Z31 Crystal structure of immune receptor complex 提交 2007-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–178（178 aa）片段：extracellular alpha-1 and extracellular alpha-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.2M patassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid, 16% polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.287

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA2U_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–189； UniProt 1–179

H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain

Mus musculus

UniProt P06344

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 28–216	片段：EXTRACELLULAR BETA-1 AND BETA-2 DOMAINS	H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain × 1 （P14438） Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；296 K；MPEG 5000, sodium chloride, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K2D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U3H Crystal structure of mouse TCR 172.10 complexed with MHC class II I-Au molecule at 2.4 A 提交 2004-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 28–216（189 aa）片段：extracellular beta-1, extracellular beta-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；21% PEG 3350, 0.1M Hepes and 0.2M LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.274
1U3H Crystal structure of mouse TCR 172.10 complexed with MHC class II I-Au molecule at 2.4 A 提交 2004-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 28–216（189 aa）片段：extracellular beta-1, extracellular beta-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；21% PEG 3350, 0.1M Hepes and 0.2M LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.274
2P24 I-Au/MBP125-135 提交 2007-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–224（197 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；0.1 M NaOAc, 25% (w/v) PEG 1000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.15 Å R-free 0.260
2PXY Crystal structures of immune receptor complexes 提交 2007-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 29–217（189 aa）片段：extracellular beta-1, extracellular beta-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid (pH7.0), 16% polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.23 Å R-free 0.253
2Z31 Crystal structure of immune receptor complex 提交 2007-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 28–216（189 aa）片段：extracellular beta-1 and extracellular beta-2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.2M patassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid, 16% polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.287

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HB2U_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–189； UniProt 28–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k2d
沉积日期 deposition_date	2001-09-26
结构标题 title	Crystal structure of the autoimmune MHC class II I-Au complexed with myelin basic protein 1-11 at 2.2A
关键词 keywords	;MHC class II, I-Au, H-2u, autoimmune disease, unique register, experimental autoimmune encephalomyelitis, myelin basic protein, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.94 Å
零角强度 I(0) i0	33543500.00
分子量 molecular_weight	44487.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55523 Å³
包络体积 envelope_volume	67783 Å³
水化壳体积 shell_volume	24126 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.1 Å
壳层 Rg shell_rg	30.37 Å
包络 Rg envelope_rg	24.21 Å
形状 Rg shape_rg	23.90 Å
总 Rg total_rg	24.84 Å
总原子数 total_atoms	3147
残基数 n_residues	377
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.307
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7157000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
分子量 formula_weight	21468.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3597

HSRGEDDIEADHVGSYGIVVYQSPGDIGQYTFEFDGDELFYVDLDKKETIWMLPEFAQLRSFDPQGGLQNIATGKHNLGVLTKRSNSTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVADGVYETSFFVNRDYSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWEPE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain
分子量 formula_weight	22495.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GDSERHFVVQFQPFCYFTNGTQRIRYVTRYIYNREEYLRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYYNKQYLERTRAELDTVCRYNYEETEVPTSLRRLEQPNVVISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPRRGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWRA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide
分子量 formula_weight	2319.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

HSRGGASQYRPSQRHGTGSGSGS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	450

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1k2da1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1k2da2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1k2da3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1k2db1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1k2db2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1k2dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1k2dA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1k2dB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	1k2dB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.150 Å
晶胞边长 b length_b	110.590 Å
晶胞边长 c length_c	94.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/k2/1k2d/1k2d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k2/1k2d/1k2d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k2/1k2d/1k2d.dat

Crystal structure of the autoimmune MHC class II I-Au complexed with myelin basic protein 1-11 at 2.2A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)