1k39

The structure of yeast delta3-delta2-enoyl-COA isomerase complexed with octanoyl-COA

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05871

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 PHOSPHATE ION × 6 OCTANOYL-COENZYME A × 6 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ECI1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–280; UniProt 1–280 作者链 B; PDB构建体 1–280; UniProt 1–280 作者链 C; PDB构建体 1–280; UniProt 1–280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k39
沉积日期 deposition_date2001-10-02
结构标题 titleThe structure of yeast delta3-delta2-enoyl-COA isomerase complexed with octanoyl-COA
关键词 keywordsbeta-beta-alpha spiral, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1k39__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1k39__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1k39__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)34.38 Å
Rg(电子密度)32.82 Å
总 Rg33.61 Å
原子数13170
残基数1612
排除体积235600 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1k39__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1k39a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like
结构域编号 domain_idd1k39b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like
结构域编号 domain_idd1k39c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamilyc.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family familyc.14.1.3 — Crotonase-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1k39A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1k39B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1k39C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

7. 引用文献 (2)