SAXSdb — 1k3z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 191–326 链 B； UniProt 191–326	片段：p65 dimerization domain	transcription factor inhibitor I-kappa-B-beta × 1 （Q60778）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K3Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFT STRUCTURE OF NF-KB P65 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–291（101 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN 链 B 191–291（101 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–304（286 aa）片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–291（272 aa）片段：p65 RHR	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1MY5 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer 提交 2002-10-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–304（114 aa）片段：residues 191-304 (dimerization domain) 链 B 191–304（114 aa）片段：residues 191-304 (dimerization domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M sodium HEPES, 0.2M sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
1MY7 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation 提交 2002-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 191–304（114 aa）片段：residues 191 - 304 (dimerization domain) 链 B 191–304（114 aa）片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)	突变：N202R 突变：N202R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.49 Å R-free 0.247
1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain 链 C 191–326（136 aa）片段：p65 dimerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
1RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291 链 B 19–291（273 aa）片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K	分辨率 2.70 Å R-free 0.324
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2I9T Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter 提交 2006-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：residues 19-291	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–291（273 aa）片段：P65 RESIDUES 19 - 291 链 B 19–291（273 aa）片段：P65 RESIDUES 19 - 291	未记录	DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
5U01 Cooperative DNA binding by two RelA dimers 提交 2016-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 B 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 C 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291 链 D 19–291（273 aa）片段：UNP residues 19-291	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；Nacit 5.5 100mM, CaCl2 10mM, DTT 10mM, PEG 3350 15%.	分辨率 2.50 Å R-free 0.274
6GGR Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65 提交 2018-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–188（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–98（80 aa）链 A 191–291（101 aa）链 B 19–98（80 aa）链 B 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 G 19–98（80 aa）链 G 191–291（101 aa）链 H 19–98（80 aa）链 H 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 19–98（80 aa）链 K 191–291（101 aa）链 L 19–98（80 aa）链 L 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 O 19–98（80 aa）链 O 191–291（101 aa）链 P 19–98（80 aa）链 P 191–291（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG	分辨率 3.09 Å R-free 0.329
9BDU NF-kappaB RelA homo-dimer bound to AT-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, beta-octylglucoside, spermine	分辨率 2.03 Å R-free 0.273
9BDV NF-kappaB RelA homo-dimer bound to TA-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
9BDW NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 1.87 Å R-free 0.227
9BDX NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside	分辨率 3.60 Å R-free 0.374
9E6W NF-kappaB RelA homo-dimer bound to a kappaB site of Cxcl2 gene 提交 2024-10-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–304（286 aa）片段：residues 19-304 链 B 19–304（286 aa）片段：residues 19-304	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris HCl 25mM pH 7.5, NaCl 50 mM, DTT 1 mM, MES 50 mM pH 5.5, CaCl2 2 mM, Spermidine 1 mM, b-D-octylglucopyranoside 0.05%, Ammonium chloride 50 mM, PEG3350 14%	分辨率 2.04 Å R-free 0.283

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF65_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 191–326 作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 191–326

transcription factor inhibitor I-kappa-B-beta

Mus musculus

UniProt Q60778

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 50–331	突变：S312E, S313E, S314E, S316E, S318E	Transcription factor p65 × 2 （Q04207）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K3Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 50–331（282 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IKBB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–282； UniProt 50–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k3z
沉积日期 deposition_date	2001-10-04
结构标题 title	X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex
关键词 keywords	protein-protein complex, transcription factors, nuclear localization, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.29 Å
零角强度 I(0) i0	48063900.00
分子量 molecular_weight	52164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64657 Å³
包络体积 envelope_volume	79243 Å³
水化壳体积 shell_volume	27178 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.25 Å
包络 Rg envelope_rg	24.28 Å
形状 Rg shape_rg	24.30 Å
总 Rg total_rg	25.03 Å
总原子数 total_atoms	3670
残基数 n_residues	469
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.267
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor p65
分子量 formula_weight	15743.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3769

TAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEARGSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPDTDDRHRIEEKRKRTYETFKSIMKKSPFNGPTEPRP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	transcription factor inhibitor I-kappa-B-beta
分子量 formula_weight	30537.6 kDa
突变 mutation	S312E, S313E, S314E, S316E, S318E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VFGYVTEDGDTALHLAVIHQHEPFLDFLLGFSAGHEYLDLQNDLGQTALHLAAILGEASTVEKLYAAGAGVLVAERGGHTALHLACRVRAHTCACVLLQPRPSHPRDASDTYLTQSQDCTPDTSHAPAAVDSQPNPENEEEPRDEDWRLQLEAENYDGHTPLHVAVIHKDAEMVRLLRDAGADLNKPEPTCGRTPLHLAVEAQAASVLELLLKAGADPTARMYGGRTPLGSALLRPNPILARLLRAHGAPEPEDGGDKLSPCEEEGEDEDSDNRDEGDEYDD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1k3za_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1k3zb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1k3zd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1k3zA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1k3zB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1k3zD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.400 Å
晶胞边长 b length_b	48.920 Å
晶胞边长 c length_c	59.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	95.17 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.45 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/k3/1k3z/1k3z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/1k3z/1k3z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/1k3z/1k3z.dat

X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

transcription factor inhibitor I-kappa-B-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)