Clostridium symbiosum
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–449 | 突变：K89L | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0 | 分辨率 2.05 Å |
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
| UniProt名称 | DHE2_CLOSY |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
| 条目编号 entry_id | 1k89 |
| 沉积日期 deposition_date | 1998-06-05 |
| 结构标题 title | K89L MUTANT OF GLUTAMATE DEHYDROGENASE |
| 关键词 keywords | OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 22.87 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 21.81 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 40176400.00 |
| 分子量 molecular_weight | 49106.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 61422 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 70843 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 26527 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 69.2 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 29.12 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 21.83 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 21.82 Å |
| 总 Rg total_rg | 22.61 Å |
| 总原子数 total_atoms | 3457 |
| 残基数 n_residues | 449 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
| 最大尺寸 Dmax dmax | 72.0 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 22.72 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.36 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 4.0180e+07 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 4.6810e+05 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 22.75 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 40180000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.8993 |
| 解质量评级 solution_quality | GOOD a GOOD solution |
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 29.9 Å |
| 偏度 Skewness skewness | 0.101 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.519 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.3450 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 10060000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 66 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria | AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.996 |
| 结构域编号 domain_id | d1k89a1 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains |
| 家族 Family family | c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain |
| 结构域编号 domain_id | d1k89a2 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain |
| 家族 Family family | c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases |
| 结构域编号 domain_id | 1k89A01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain |
| 结构域编号 domain_id | 1k89A02 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 |
| 结构域编号 domain_id | 1k89A03 |
| 类 Class class | 1 — Mainly Alpha |
| 架构 Architecture architecture | 10 — Orthogonal Bundle |
| 拓扑 Topology topology | 285 — Glutamate Dehydrogenase; Chain A, domain 3 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Glutamate Dehydrogenase, chain A, domain 3 |