SAXSdb — 1k8w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA Pseudouridine Synthase B

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5'-R(GPGPCPAPAPCPGPGPUP(FHU)PCPGPAPUPCPCPCPGPUPUPGPC)-3' × 1 SULFATE ION × 10 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRUB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–327； UniProt 10–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k8w
沉积日期 deposition_date	2001-10-25
结构标题 title	Crystal structure of the E. coli pseudouridine synthase TruB bound to a T stem-loop RNA
关键词 keywords	protein-RNA complex, T stem-loop, tRNA, LYASE-RNA COMPLEX; LYASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1k8w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1k8w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1k8w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.72 Å
Rg（电子密度）	22.13 Å
总 Rg	22.85 Å
原子数	2855
残基数	325
排除体积	48947 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1k8w__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(GPGPCPAPAPCPGPGPUP(FHU)PCPGPAPUPCPCPCPGPUPUPGPC)-3'
分子量 formula_weight	7062.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3166

GGCAACGGUUCGAUCCCGUUGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	tRNA Pseudouridine Synthase B
分子量 formula_weight	36638.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.70
突变 mutation	Residues 1-9 replaced with a His-Tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMDINGVLLLDKPQGMSSNDALQKVKRIYNANRAGHTGALDPLATGMLPICLGEATKFSQYLLDSDKRYRVIARLGQRTDTSDADGQIVEERPVTFSAEQLAAALDTFRGDIEQIPSMYSALKYQGKKLYEYARQGIEVPREARPITVYELLFIRHEGNELELEIHCSKGTYIRTIIDDLGEKLGCGAHVIYLRRLAVSKYPVERMVTLEHLRELVEQAEQQDIPAAELLDPLLMPMDSPASDYPVVNLPLTSSVYFKNGNPVRTSGAPLEGLVRVTEGENGKFIGMGEIDDEGRVAPRRLVVEYPA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1k8wa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.122.1 — PUA domain-like
家族 Family family	b.122.1.1 — PUA domain

结构域编号 domain_id	d1k8wa5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.265 — Pseudouridine synthase
超家族 Superfamily superfamily	d.265.1 — Pseudouridine synthase
家族 Family family	d.265.1.2 — Pseudouridine synthase II TruB

结构域编号 domain_id	d1k8wa6
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1k8wA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	1k8wA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

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晶胞边长 a length_a	145.054 Å
晶胞边长 b length_b	40.361 Å
晶胞边长 c length_c	77.987 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	28.270 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2110

Crystal structure of the E. coli pseudouridine synthase TruB bound to a T stem-loop RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA Pseudouridine Synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k8w__assembly_1__model_1

1k8w__assembly_1__model_1 | I(q)

1k8w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the E. coli pseudouridine synthase TruB bound to a T stem-loop RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA Pseudouridine Synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k8w__assembly_1__model_1

1k8w__assembly_1__model_1 | I(q)

1k8w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)