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1ka7

SAP/SH2D1A bound to peptide n-Y-c

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH2 DOMAIN PROTEIN 1A

Homo sapiens

UniProt O60880

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–128 未记录 peptide n-Y-c × 1 （Q13291） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient NMR样品组成：1 mM SAP U-15N, 13C; 1mM n-pY; 20 mM phosphate buffer, 100mM NaCl | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1KA7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D1Z CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP 提交 1999-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 B 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 C 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 D 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；1.64 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.40 Å R-free 0.187
1D1Z CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP 提交 1999-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 B 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 C 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
链 D 1–104（104 aa） 片段：SAP SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；1.64 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.40 Å R-free 0.187
1D4T CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH A SLAM PEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：SH2 DOMAIN (RESIDUES 1-104)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM HEPES PH 8.0, AND 100 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.10 Å R-free 0.165
1D4W CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH SLAM PHOSPHOPEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：SH2 DOMAIN
突变：RESIDUES 1-104 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM SODIUM CITRATE, 10MM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1D4W CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH SLAM PHOSPHOPEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–104（104 aa） 片段：SH2 DOMAIN
突变：RESIDUES 1-104 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM SODIUM CITRATE, 10MM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1KA6 SAP/SH2D1A bound to peptide n-pY 提交 2001-10-31 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–128（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM SAP U-15N, 13C; 1mM n-pY; 20 mM phosphate buffer, 100mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1M27 Crystal structure of SAP/FynSH3/SLAM ternary complex 提交 2002-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；297 K；Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SH21A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

peptide n-Y-c

物种未注明

UniProt Q13291

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 275–286 片段：Cytoplasmic region (residues 275-286) 突变：K275R SH2 DOMAIN PROTEIN 1A × 1 （O60880） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient NMR样品组成：1 mM SAP U-15N, 13C; 1mM n-pY; 20 mM phosphate buffer, 100mM NaCl | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1KA7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D4T CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH A SLAM PEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 276–286（11 aa） 片段：SLAM TAIL PEPTIDE (RESIDUES 276 TO 286)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM HEPES PH 8.0, AND 100 MM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.10 Å R-free 0.165
1D4W CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH SLAM PHOSPHOPEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 276–286（11 aa） 片段：CYTOPLASMIC TAIL SYNTHETIC PHOSPOPEPTIDE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM SODIUM CITRATE, 10MM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1D4W CRYSTAL STRUCTURE OF THE XLP PROTEIN SAP IN COMPLEX WITH SLAM PHOSPHOPEPTIDE 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 276–286（11 aa） 片段：CYTOPLASMIC TAIL SYNTHETIC PHOSPOPEPTIDE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；30% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 100 MM SODIUM CITRATE, 10MM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1KA6 SAP/SH2D1A bound to peptide n-pY 提交 2001-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 275–282（8 aa） 片段：Cytoplasmic Region (residues 275-282)
突变：K275R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM SAP U-15N, 13C; 1mM n-pY; 20 mM phosphate buffer, 100mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1M27 Crystal structure of SAP/FynSH3/SLAM ternary complex 提交 2002-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 276–286（11 aa） 片段：SLAM peptide (residues 276-286)
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；297 K；Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SLAF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 275–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ka7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ka7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ka7
沉积日期 deposition_date2001-10-31
结构标题 titleSAP/SH2D1A bound to peptide n-Y-c
关键词 keywordsSH2 domain, protein-peptide complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.86 Å
零角强度 I(0) i03455490.00
分子量 molecular_weight13414.0 kDa
排除体积 excluded_volume17011 ų
包络体积 envelope_volume19930 ų
水化壳体积 shell_volume12204 ų
包络直径 envelope_diameter52.7 Å
壳层 Rg shell_rg19.75 Å
包络 Rg envelope_rg14.36 Å
形状 Rg shape_rg13.81 Å
总 Rg total_rg15.32 Å
总原子数 total_atoms1914
残基数 n_residues119
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.2 Å
Rg (实空间) rg_real15.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4550e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5880e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3456000.0000
解质量估计 total_estimate0.7798
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.8 Å
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.197
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha888100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ka7a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ka7A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)