1kdg

Crystal structure of the flavin domain of cellobiose dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cellobiose dehydrogenase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 alpha-D-mannopyranose × 4 MERCURY (II) ION × 9 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 alpha-D-mannopyranose × 12 MERCURY (II) ION × 27 6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 6 2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID × 3 UNKNOWN ATOM OR ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDH_PHACH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–546； UniProt 228–773 作者链 B； PDB构建体 1–546； UniProt 228–773

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kdg
沉积日期 deposition_date	2001-11-13
结构标题 title	Crystal structure of the flavin domain of cellobiose dehydrogenase
关键词 keywords	GMC oxidoreductase, PHBH fold, alpha/beta structure, Rossmann fold, 6-hydroxylated FAD, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kdg__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`1kdg__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cellobiose dehydrogenase
分子量 formula_weight	58000.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.99.18
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9548

PTVSATPYDYIIVGAGPGGIIAADRLSEAGKKVLLLERGGPSTKQTGGTYVAPWATSSGLTKFDIPGLFESLFTDSNPFWWCKDITVFAGCLVGGGTSVNGALYWYPNDGDFSSSVGWPSSWTNHAPYTSKLSSRLPSTDHPSTDGQRYLEQSFNVVSQLLKGQGYNQATINDNPNYKDHVFGYSAFDFLNGKRAGPVATYLQTALARPNFTFKTNVMVSNVVRNGSQILGVQTNDPTLGPNGFIPVTPKGRVILSAGAFGTSRILFQSGIGPTDMIQTVQSNPTAAAALPPQNQWINLPVGMNAQDNPSINLVFTHPSIDAYENWADVWSNPRPADAAQYLANQSGVFAGASPKLNFWRAYSGSDGFTRYAQGTVRPGAASVNSSLPYNASQIFTITVYLSTGIQSRGRIGIDAALRGTVLTPPWLVNPVDKTVLLQALHDVVSNIGSIPGLTMITPDVTQTLEEYVDAYDPATMNSNHWVSSTTIGSSPQSAVVDSNVKVFGTNNLFIVDAGIIPHLPTGNPQGTLMSAAEQAAAKILALAGGP

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	6-HYDROXY-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	801.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(ETHYLMERCURI-THIO)-BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	382.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1120

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1kdga1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kdga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.1 — GMC oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1kdgb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kdgb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.1 — GMC oxidoreductases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1kdgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1kdgA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholesterol Oxidase; domain 2

结构域编号 domain_id	1kdgB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1kdgB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholesterol Oxidase; domain 2

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晶胞边长 a length_a	185.075 Å
晶胞边长 b length_b	185.075 Å
晶胞边长 c length_c	81.034 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	23.000 Å
R 因子 r_factor	0.1350
R_work r_work	0.1330
R_free r_free	0.1690

Crystal structure of the flavin domain of cellobiose dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cellobiose dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the flavin domain of cellobiose dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cellobiose dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)