SAXSdb — 1kdp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTIDYLATE KINASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–227	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–227	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KDP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CKE CMP KINASE FROM ESCHERICHIA COLI FREE ENZYME STRUCTURE 提交 1998-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.259
1KDO CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1KDO CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1KDR CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH ARA-CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CAR CYTOSINE ARABINOSE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.254
1KDR CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH ARA-CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CAR CYTOSINE ARABINOSE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.254
1KDT CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH 2',3'-DIDEOXY-CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
1KDT CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH 2',3'-DIDEOXY-CYTIDINE MONOPHOSPHATE 提交 2001-11-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–227（227 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
2CMK CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE IN COMPLEX WITH CYTIDINE-DI-PHOSPHATE 提交 1998-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）片段：DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CDP CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
2FEM Mutant R188M of the Cytidine Monophosphate Kinase From E. Coli 提交 2005-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	突变：R188M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；Tris-HCL 50 mM pH 7.4, ammonium sulfate 1.3 M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
2FEO Mutant R188M of The Cytidine Monophosphate Kinase from E. coli complexed with dCMP 提交 2005-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–227（227 aa）	突变：R188M	SO4 SULFATE ION × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；dCMP 200 mM, Tris-HCL 50 mM pH 7.4, ammonium sulfate 1.7 M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.339

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KCY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227 作者链 B； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kdp
沉积日期 deposition_date	2001-11-13
结构标题 title	CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH 2'-DEOXY-CYTIDINE MONOPHOSPHATE
关键词 keywords	NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.24 Å
零角强度 I(0) i0	38317600.00
分子量 molecular_weight	49013.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61055 Å³
包络体积 envelope_volume	91882 Å³
水化壳体积 shell_volume	19810 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.79 Å
包络 Rg envelope_rg	36.11 Å
形状 Rg shape_rg	38.26 Å
总 Rg total_rg	38.65 Å
总原子数 total_atoms	3446
残基数 n_residues	446
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5781
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.436
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4475000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.014; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.127; Smooth: 0.344

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTIDYLATE KINASE
分子量 formula_weight	24778.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3791

MTAIAPVITIDGPSGAGKGTLCKAMAEALQWHLLDSGAIYRVLALAALHHHVDVASEDALVPLASHLDVRFVSTNGNLEVILEGEDVSGEIRTQEVANAASQVAAFPRVREALLRRQRAFRELPGLIADGRDMGTVVFPDAPVKIFLDASSEERAHRRMLQLQEKGFSVNFERLLAEIKERDDRDRNRAVAPLVPAADALVLDSTTLSIEQVIEKALQYARQKLALA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	307.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	345

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1kdpa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases

结构域编号 domain_id	d1kdpb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1kdpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1kdpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.779 Å
晶胞边长 b length_b	75.981 Å
晶胞边长 c length_c	78.086 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2550

fit	/app/data/saxs_computation/kd/1kdp/1kdp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kd/1kdp/1kdp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kd/1kdp/1kdp.dat

CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH 2'-DEOXY-CYTIDINE MONOPHOSPHATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTIDYLATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction