1kex

Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 273–427	片段：b1 domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；PEG 8000, MES, zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KEX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QQI Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–586（314 aa）片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
2QQM Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 141–586（446 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
2QQN Neuropilin-1 b1 Domain in Complex with a VEGF-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 273–427（155 aa）片段：F5/8 type C 1 domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；25% PEG 1500, 4% tert-butanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.20 Å R-free 0.207
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：domain B1, F5/8 type C 1	未记录	8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）片段：domain B1, F5/8 type C 1	未记录	8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain 链 B 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4RN5 B1 domain of human Neuropilin-1 with acetate ion in a ligand-binding site 提交 2014-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：B1 domain (UNP residues 273-427)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；100mM MES, 200mM Zinc Acetate, 10% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.201
5C7G Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in complex with a bicine molecule 提交 2015-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：B1 DOMAIN, UNP residues 273-427	未记录	BCN BICINE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG550 mme 5%, PEG 20 000, 60mM MgCl2, Na-Bicine 100 mM, pH 8.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：b1 domain, UNP residues 273-427	未记录	HRG L-HOMOARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）片段：b1 domain, UNP residues 273-427	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl	分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	AAG N-ALPHA-L-ACETYL-ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl	分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	6JY N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	6K8 N-(benzenecarbonyl)glycyl-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5L73 MAM domain of human neuropilin-1 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 628–813（186 aa）片段：UNP residues 628-813 链 B 628–813（186 aa）片段：UNP residues 628-813	未记录	CA CALCIUM ION × 4 BCN BICINE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；0.06 M MgCl2 0.06 M CaCl2 0.1 M Tris (base), 0.1 M BICINE pH 8.0 12.5 % MPD 12.5 % PEG 1000 12.5 % w/v PEG 3350.	分辨率 2.24 Å R-free 0.228
6FMC Neuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure 提交 2018-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 0.90 Å R-free 0.132
6FMF Neuropilin-1 b1 domain in complex with EG01377; 2.8 Angstrom structure 提交 2018-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 2.81 Å R-free 0.292
6TKK Neuropilin 1-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB186 peptide 提交 2019-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 1.06 Å R-free 0.149
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7O1N Crystal Structure of Human Neuropilin-1 b1 Domain mutant - Y297A 提交 2021-03-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	突变：Y297A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Precipitant of 20% PEG4000, 0.1M Tris (pH 8.5), 0.2M Lithium Sulfate. Protein concentration used is 10 mg/mL, mixed 1:1 with precipitant for hanging drop over reservoir of 1 mL.	分辨率 1.56 Å R-free 0.209
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 271–586（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)	分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 271–586（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)	分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 273–427（155 aa）	突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
9EOU Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide. 提交 2024-03-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–586（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium malonate pH 6.0, 9% w/v PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
9F6B Human neuropilin-1 in a complex with a quinoline based antagonists 提交 2024-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）链 B 273–427（155 aa）	未记录	A1IAT (2~{S})-2-[[3-[[6-[3-(aminomethyl)phenyl]quinolin-8-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium Chloride, 14% PEG3350	分辨率 1.57 Å R-free 0.239

共 24 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 273–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kex
沉积日期 deposition_date	2001-11-18
结构标题 title	Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1
关键词 keywords	beta barrel, jelly-roll, protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.87 Å
零角强度 I(0) i0	5784860.00
分子量 molecular_weight	17572.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22073 Å³
包络体积 envelope_volume	24435 Å³
水化壳体积 shell_volume	13790 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.96 Å
包络 Rg envelope_rg	15.39 Å
形状 Rg shape_rg	14.82 Å
总 Rg total_rg	16.14 Å
总原子数 total_atoms	1239
残基数 n_residues	155
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.0 Å
Rg (实空间) rg_real	15.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5510e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5785000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7035
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1237000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1kexa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1kexA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.827 Å
晶胞边长 b length_b	62.827 Å
晶胞边长 c length_c	88.375 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2660

描述 description	Neuropilin-1
分子量 formula_weight	17590.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1440

Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	201

fit	/app/data/saxs_computation/ke/1kex/1kex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/1kex/1kex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/1kex/1kex.dat