1kgy

Crystal Structure of the EphB2-ephrinB2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 2

Mus musculus

UniProt P54763

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 EPHRIN-B2 × 2 (P52800) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 EPHRIN-B2 × 2 (P52800) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPHB2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–181; UniProt 28–207 作者链 B; PDB构建体 1–181; UniProt 28–207 作者链 C; PDB构建体 1–181; UniProt 28–207 作者链 D; PDB构建体 1–181; UniProt 28–207

EPHRIN-B2

Mus musculus

UniProt P52800

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 2 × 2 (P54763) 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 2 × 2 (P54763) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFNB2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–138; UniProt 31–168 作者链 F; PDB构建体 1–138; UniProt 31–168 作者链 G; PDB构建体 1–138; UniProt 31–168 作者链 H; PDB构建体 1–138; UniProt 31–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kgy
沉积日期 deposition_date2001-11-28
结构标题 titleCrystal Structure of the EphB2-ephrinB2 complex
关键词 keywordsDevelopmental protein, TRANSFERASE-TRANSFERASE RECEPTOR COMPLEX; TRANSFERASE/TRANSFERASE RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kgy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kgy__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kgy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.51 Å
Rg(电子密度)27.19 Å
总 Rg28.15 Å
原子数5130
残基数638
排除体积91142 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1kgy__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1kgy__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1kgya_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.4 — Ephrin receptor ligand binding domain
结构域编号 domain_idd1kgyb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.4 — Ephrin receptor ligand binding domain
结构域编号 domain_idd1kgyc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.4 — Ephrin receptor ligand binding domain
结构域编号 domain_idd1kgyd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.4 — Ephrin receptor ligand binding domain
结构域编号 domain_idd1kgye_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.5 — Ephrin ectodomain
结构域编号 domain_idd1kgyf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.5 — Ephrin ectodomain
结构域编号 domain_idd1kgyg_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.5 — Ephrin ectodomain
结构域编号 domain_idd1kgyh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.5 — Ephrin ectodomain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1kgyA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id1kgyB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id1kgyC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id1kgyD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id1kgyE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1kgyF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1kgyG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1kgyH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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7. 引用文献 (1)