1kho

Crystal Structure Analysis of Clostridium perfringens alpha-Toxin Isolated from Avian Strain SWCP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alpha-toxin

Clostridium perfringens

UniProt Q9RF12

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 3 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 3 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHLC2_CLOPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–370; UniProt 29–398 作者链 B; PDB构建体 1–370; UniProt 29–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kho
沉积日期 deposition_date2001-11-30
结构标题 titleCrystal Structure Analysis of Clostridium perfringens alpha-Toxin Isolated from Avian Strain SWCP
关键词 keywordsN-terminal alpha-helix, C-terminal beta-sheet, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kho__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kho__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kho__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.09 Å
Rg(电子密度)21.22 Å
总 Rg22.07 Å
原子数2998
残基数370
排除体积52412 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1kho__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1kho__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1khoa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.124 — Phospholipase C/P1 nuclease
超家族 Superfamily superfamilya.124.1 — Phospholipase C/P1 nuclease
家族 Family familya.124.1.1 — Phospholipase C
结构域编号 domain_idd1khoa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.12 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
超家族 Superfamily superfamilyb.12.1 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
家族 Family familyb.12.1.3 — Alpha-toxin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1khob1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.124 — Phospholipase C/P1 nuclease
超家族 Superfamily superfamilya.124.1 — Phospholipase C/P1 nuclease
家族 Family familya.124.1.1 — Phospholipase C
结构域编号 domain_idd1khob2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.12 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
超家族 Superfamily superfamilyb.12.1 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
家族 Family familyb.12.1.3 — Alpha-toxin, C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1khoA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology575 — P1 Nuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — P1 Nuclease
结构域编号 domain_id1khoA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PLAT/LH2 domain
结构域编号 domain_id1khoB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology575 — P1 Nuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — P1 Nuclease
结构域编号 domain_id1khoB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PLAT/LH2 domain
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7. 引用文献 (1)