1kqq

Solution Structure of the Dead ringer ARID-DNA Complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 55.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEAD RINGER PROTEIN

Drosophila melanogaster

UniProt Q24573

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 262–398 片段:A/T Rich Interaction Domain 突变:F355L 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.7;310 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient NMR样品组成:2.0mM Dead ringer-DNA complex (protein U-13C,15N, DNA NA) 20mM Tris U-2H, 0.01% NaN3 NA, 0.5mM EDTA NA, 5mM DTT U-2H | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:1.4mM Dead ringer-DNA complex (protein U-13C,15N, DNA NA) 20mM Tris U-2H, 0.01% NaN3 NA, 0.5mM EDTA NA, 5mM DTT U-2H | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRI_DROME
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–139; UniProt 262–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kqq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kqq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kqq
沉积日期 deposition_date2002-01-07
结构标题 titleSolution Structure of the Dead ringer ARID-DNA Complex
关键词 keywordsARID, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.47
零角强度 I(0) i04942470000.00
分子量 molecular_weight488560.0 kDa
排除体积 excluded_volume565270 ų
包络体积 envelope_volume45979 ų
水化壳体积 shell_volume19829 ų
包络直径 envelope_diameter64.5
壳层 Rg shell_rg25.90
包络 Rg envelope_rg19.73
形状 Rg shape_rg18.43
总 Rg total_rg18.64
总原子数 total_atoms62400
残基数 n_residues3220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.1
Rg (实空间) rg_real19.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.9420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4942000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9164
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.8
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1402000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.959

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1kqqa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.3 — ARID-like
家族 Family familya.4.3.1 — ARID domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1kqqA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — ARID DNA-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)