SAXSdb — 1kr0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hevamine A

Hevea brasiliensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHLY_HEVBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kr0
沉积日期 deposition_date	2002-01-08
结构标题 title	Hevamine Mutant D125A/Y183F in Complex with Tetra-NAG
关键词 keywords	hydrolase, chitinase/lysozyme; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kr0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kr0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kr0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.97 Å
Rg（电子密度）	17.61 Å
总 Rg	18.67 Å
原子数	2145
残基数	273
排除体积	38042 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kr0__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hevamine A
分子量 formula_weight	29513.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.14, 3.2.1.17
突变 mutation	D125A/Y183F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2287

GGIAIYWGQNGNEGTLTQTCSTRKYSYVNIAFLNKFGNGQTPQINLAGHCNPAAGGCTIVSNGIRSCQIQGIKVMLSLGGGIGSYTLASQADAKNVADYLWNNFLGGKSSSRPLGDAVLDGIDFAIEHGSTLYWDDLARYLSAYSKQGKKVYLTAAPQCPFPDRYLGTALNTGLFDYVWVQFFNNPPCQYSSGNINNIINSWNRWTTSINAGKIFLGLPAAPEAAGSGYVPPDVLISRILPEIKKSPKYGGVMLWSKFYDDKNGYSSSILDSV

来源 Source

来源生物 organism	Hevea brasiliensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3981
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	830.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1kr0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.5 — Type II chitinase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1kr0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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7. 引用文献 (5)

;Expression and Characterization of Active Site Mutants of Hevamine, a Chitinase from the Rubber Tree Hevea brasiliensis. ;

Eur.J.Biochem. (2002)

PMID: 11846790 · DOI: 10.1046/j.0014-2956.2001.02721.x PRIMARY

;The 1.8 A Resolution Structure of Hevamine, a Plant Chitinase/Lysozyme, and Analysis of the Conserved Sequence and Structure Motifs of Glycosyl Hydrolase Family 18. ;

J.Mol.Biol. (1996)

DOI: 10.1006/jmbi.1996.0510

;Stereochemistry of Chitin Hydrolysis by a Plant Chitinase/Lysozyme and X-ray Structure of a Complex with Allosamidin: Evidence for Substrate Assisted Catalysis. ;

Biochemistry (1995)

;Crystal Structures of Hevamine, a Plant Defence Protein with Chitinase and Lysozyme Activity, and its Complex with an Inhibitor. ;

Structure (1994)

;Crystallization of Hevamine, an Enzyme with Lysozyme/Chitinase Activity from Hevea brasiliensis Latex. ;

J.Mol.Biol. (1990)

晶胞边长 a length_a	51.945 Å
晶胞边长 b length_b	57.570 Å
晶胞边长 c length_c	82.415 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	43.950 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2040

Hevamine Mutant D125A/Y183F in Complex with Tetra-NAG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hevamine A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kr0__assembly_1__model_1

1kr0__assembly_1__model_1 | I(q)

1kr0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (5)

Hevamine Mutant D125A/Y183F in Complex with Tetra-NAG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hevamine A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kr0__assembly_1__model_1

1kr0__assembly_1__model_1 | I(q)

1kr0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (5)