SAXSdb — 1krm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

adenosine deaminase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–356	未记录	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, PEG400, MES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KRM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NDV Crystal Structure of Adenosine Deaminase complexed with FR117016 提交 2002-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR0 N''-(4-(5-((1H-BENZIMIDAZOL-2-YLAMINO)METHYL)-2-THIENYL)-1,3-THIAZOL-2-YL)GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium sulfate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
1NDW Crystal Structure of Adenosine Deaminase Complexed with FR221647 提交 2002-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR2 1-((1R)-1-(HYDROXYMETHYL)-3-PHENYLPROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1NDY Crystal Structure of Adenosine Deaminase Complexed with FR230513 提交 2002-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR3 1-((1R)-1-(HYDROXYMETHYL)-3-(1-NAPHTHYL)PROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1NDZ Crystal Structure of Adenosine Deaminase Complexed with FR235999 提交 2002-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR5 1-((1R)-1-(HYDROXYMETHYL)-3-(6-((3-(1-METHYL-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL)PROPANOYL)AMINO)-1H-INDOL-1-YL)PROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1O5R Crystal structure of adenosine deaminase complexed with a potent inhibitor 提交 2003-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR9 1-[(1R)-3-(6-{[(BENZYLAMINO)CARBONYL]AMINO}-1H-INDOL-1-YL)-1-(HYDROXYMETHYL)PROPYL]-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium sulphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.242
1QXL Crystal structure of Adenosine deaminase complexed with FR235380 提交 2003-09-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR8 1-((1R)-1-(HYDROXYMETHYL)-3-{6-[(5-PHENYLPENTANOYL)AMINO]-1H-INDOL-1-YL}PROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.253
1UML Crystal structure of adenosine deaminase complexed with a potent inhibitor FR233624 提交 2003-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR4 1-((1R)-1-(HYDROXYMETHYL)-3-{6-[(3-PHENYLPROPANOYL)AMINO]-1H-INDOL-1-YL}PROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium sulphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.286
1V79 Crystal structures of adenosine deaminase complexed with potent inhibitors 提交 2003-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR7 1-{(1R,2S)-1-[2-(2,3,-DICHLOROPHENYL)ETHYL]-2-HYDROXYPROPYL}-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammonium sulphate, PEG400, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
1V7A Crystal structures of adenosine deaminase complexed with potent inhibitors 提交 2003-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FRC 1-{(1R,2S)-2-HYDROXY-1-[2-(2-NAPHTHYLOXY)ETHYL]PROPYL}-1H-IMIDAZONE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Ammoniun sulphate, PEG400, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1VFL Adenosine deaminase 提交 2004-04-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；PEG4000, 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
1W1I Crystal structure of dipeptidyl peptidase IV (DPPIV or CD26) in complex with adenosine deaminase 提交 2004-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 0–356（357 aa）链 F 0–356（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 3.03 Å R-free 0.257
1W1I Crystal structure of dipeptidyl peptidase IV (DPPIV or CD26) in complex with adenosine deaminase 提交 2004-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 0–356（357 aa）链 H 0–356（357 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00	分辨率 3.03 Å R-free 0.257
1WXY Crystal structure of adenosine deaminase ligated with a potent inhibitor 提交 2005-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FRK N-[4,5-BIS(4-HYDROXYPHENYL)-1,3-THIAZOL-2-YL]HEXANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1WXZ Crystal structure of adenosine deaminase ligated with a potent inhibitor 提交 2005-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FRL 1-((1R,2S)-1-{2-[2-(4-CHLOROPHENYL)-1,3-BENZOXAZOL-7-YL]ETHYL}-2-HYDROXYPROPYL)-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, PEG400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.223
2BGN HIV-1 Tat protein derived N-terminal nonapeptide Trp2-Tat(1-9) bound to the active site of Dipeptidyl peptidase IV (CD26) 提交 2005-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–362（362 aa）链 F 1–362（362 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
2BGN HIV-1 Tat protein derived N-terminal nonapeptide Trp2-Tat(1-9) bound to the active site of Dipeptidyl peptidase IV (CD26) 提交 2005-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–362（362 aa）链 H 1–362（362 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å R-free 0.247
2E1W Crystal structure of adenosine deaminase complexed with potent inhibitors 提交 2006-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–356（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FR6 1-{(1R,2S)-2-HYDROXY-1-[2-(1-NAPHTHYL)ETHYL]PROPYL}-1H-IMIDAZOLE-4-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulphate, PEG400, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2Z7G Crystal structure of adenosine deaminase ligated with EHNA 提交 2007-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–357（356 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EH9 (2S,3R)-3-(6-amino-9H-purin-9-yl)nonan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；2M Ammonium sulfate, 2% MPD, 0.1M MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.247

共 16 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1krm
沉积日期 deposition_date	2002-01-10
结构标题 title	Crystal structure of bovine adenosine deaminase complexed with 6-hydroxyl-1,6-dihydropurine riboside
关键词 keywords	adenosine deaminase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.06 Å
零角强度 I(0) i0	26811100.00
分子量 molecular_weight	39898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49941 Å³
包络体积 envelope_volume	55364 Å³
水化壳体积 shell_volume	23254 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.52 Å
包络 Rg envelope_rg	19.41 Å
形状 Rg shape_rg	19.06 Å
总 Rg total_rg	20.01 Å
总原子数 total_atoms	2808
残基数 n_residues	349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9451000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	adenosine deaminase
分子量 formula_weight	40326.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3298

AQTPAFDKPKVELHVHLDGAIKPETILYYGKRRGIALPADTPEELLNIIGMDKPLTLPDFLAKFDYYMPAIAGCRDAIKRIAYEFVEMKAKDGVVYVEVRYSPHLLANSKVEPIPWNQAEGDLTPDEVVSLVNQGLQEGERDFGVKVRSILCCMRHQPSWSSEVVELCKKYREQTVVAIDLAGDETIEGSSLFPGHVQAYAEAVKSGVHRTVHAGEVGSANVVKEAVDTLKTERLGHGYHTLEDTTLYNRLRQENMHFEICPWSSYLTGAWKPDTEHAVIRFKNDQVNYSLNTDDPLIFKSTLDTDYQMTKKDMGFTEEEFKRLNINAAKSSFLPEDEKKELLDLLYKAYRMPSPA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE
分子量 formula_weight	271.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	490

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1krma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.1 — Adenosine/AMP deaminase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1krmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.030 Å
晶胞边长 b length_b	80.030 Å
晶胞边长 c length_c	141.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.1980

fit	/app/data/saxs_computation/kr/1krm/1krm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kr/1krm/1krm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kr/1krm/1krm.dat

Crystal structure of bovine adenosine deaminase complexed with 6-hydroxyl-1,6-dihydropurine riboside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

adenosine deaminase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction