SAXSdb — 1ktc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ktc
沉积日期 deposition_date	2002-01-15
结构标题 title	The Structure of alpha-N-Acetylgalactosaminidase
关键词 keywords	glycoprotein, (beta/alpha)8 barrel, protein-ligand complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.61 Å
零角强度 I(0) i0	37279100.00
分子量 molecular_weight	46298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57545 Å³
包络体积 envelope_volume	64726 Å³
水化壳体积 shell_volume	24803 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.89 Å
包络 Rg envelope_rg	22.06 Å
形状 Rg shape_rg	21.56 Å
总 Rg total_rg	22.58 Å
总原子数 total_atoms	3239
残基数 n_residues	388
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8594
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8199000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	alpha-N-acetylgalactosaminidase
分子量 formula_weight	45585.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3544

LENGLARTPPMGWLAWERFRCNVNCREDPRQCISEMLFMEMADRIAEDGWRELGYKYINIDDCWAAKQRDAEGRLVPDPERFPRGIKALADYVHARGLKLGIYGDLGRLTCGGYPGTTLDRVEQDAQTFAEWGVDMLKLDGCYSSGKEQAQGYPQMARALNATGRPIVYSCSWPAYQGGLPPKVNYTLLGEICNLWRNYDDIQDSWDSVLSIVDWFFTNQDVLQPFAGPGHWNDPDMLIIGNFGLSYEQSRSQMALWTIMAAPLLMSTDLRTISPSAKKILQNRLMIQINQDPLGIQGRRIIKEGSHIEVFLRPLSQAASALVFFSRRTDMPFRYTTSLAKLGFPMGAAYEVQDVYSGKIISGLKTGDNFTVIINPSGVVMWYLCPKALLIQQQAPGGPSRLPLL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	305

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ktca1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1ktca2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ktcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1ktcA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.930 Å
晶胞边长 b length_b	72.930 Å
晶胞边长 c length_c	176.413 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.990 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/kt/1ktc/1ktc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kt/1ktc/1ktc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kt/1ktc/1ktc.dat

The Structure of alpha-N-Acetylgalactosaminidase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution