1ktw

IOTA-CARRAGEENASE COMPLEXED TO IOTA-CARRAGEENAN FRAGMENTS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ktw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ktw
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id1ktw
沉积日期 deposition_date2002-01-18
结构标题 titleIOTA-CARRAGEENASE COMPLEXED TO IOTA-CARRAGEENAN FRAGMENTS
关键词 keywordsHYDROLASE, IOTA-CARRAGEENAN DOUBLE HELIX DEGRADATION; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.40
零角强度 I(0) i0178887000.00
分子量 molecular_weight104360.0 kDa
排除体积 excluded_volume129190 ų
包络体积 envelope_volume168360 ų
水化壳体积 shell_volume40873 ų
包络直径 envelope_diameter116.1
壳层 Rg shell_rg40.32
包络 Rg envelope_rg34.91
形状 Rg shape_rg35.39
总 Rg total_rg35.74
总原子数 total_atoms7315
残基数 n_residues914
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.8
Rg (实空间) rg_real35.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98
I(0) (实空间) i0_real1.7890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal178900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8780
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.1
偏度 Skewness skewness0.383
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31300000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.938

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ktwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family familyb.80.1.8 — iota-carrageenase
结构域编号 domain_idd1ktwb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family familyb.80.1.8 — iota-carrageenase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ktwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like
结构域编号 domain_id1ktwB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)