1l2w

Crystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chaperone-binding Domain in Complex with its Secretion Chaperone, SycE

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane virulence protein yopE

Yersinia pseudotuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	YopE regulator × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	YopE regulator × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	YopE regulator × 2 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	YopE regulator × 2 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	YopE regulator × 4 water × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	YopE regulator × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YOPE_YERPS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 17–85 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 17–85 作者链 K； PDB构建体 1–69； UniProt 17–85 作者链 L； PDB构建体 1–69； UniProt 17–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l2w
沉积日期 deposition_date	2002-02-25
结构标题 title	Crystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chaperone-binding Domain in Complex with its Secretion Chaperone, SycE
关键词 keywords	CHAPERONE AND VIRULENCE PROTEIN, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l2w__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l2w__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l2w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.67 Å
Rg（电子密度）	25.56 Å
总 Rg	26.39 Å
原子数	4610
残基数	585
排除体积	81831 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l2w__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1l2w__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1l2w__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1l2w__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1l2w__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1l2w__assembly_6__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	YopE regulator
分子量 formula_weight	13843.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	9594

MGYSFEQAITQLFQQLSLSIPDTIEPVIGVKVGEFACHITEHPVGQILMFTLPSLDNNDEKETLLSHNIFSQDILKPILSWDEVGGHPVLWNRQPLNSLDNNSLYTQLEMLVQGAERLQTSSL

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pseudotuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane virulence protein yopE
分子量 formula_weight	7278.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

VSGSSSVGEMSGRSVSQQTSDQYANNLAGRTESPQGSSLASRIIERLSSVAHSVIGFIQRMFSEGSHKP

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pseudotuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	633
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	362

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1l2wa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2we_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.1 — Type III secretory system chaperone

结构域编号 domain_id	d1l2wi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

结构域编号 domain_id	d1l2wj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

结构域编号 domain_id	d1l2wk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

结构域编号 domain_id	d1l2wl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.2 — Type III secretory system effector

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1l2wA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1l2wH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	72.845 Å
晶胞边长 b length_b	73.352 Å
晶胞边长 c length_c	74.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	103.37 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.36 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2510
R_free r_free	0.2750

Crystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chaperone-binding Domain in Complex with its Secretion Chaperone, SycE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane virulence protein yopE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l2w__assembly_5__model_1

1l2w__assembly_5__model_1 | I(q)

1l2w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chaperone-binding Domain in Complex with its Secretion Chaperone, SycE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane virulence protein yopE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l2w__assembly_5__model_1

1l2w__assembly_5__model_1 | I(q)

1l2w__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)