SAXSdb — 1l4a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNAPTOBREVIN

Loligo pealei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	S-SYNTAXIN × 1 （O46345） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） SYNAPHIN A × 1 （Q95PA1） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYB_LOLPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–80； UniProt 25–104

S-SYNTAXIN

Loligo pealei

UniProt O46345

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SYNAPTOBREVIN × 1 （P47194） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） SYNAPHIN A × 1 （Q95PA1） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O46345_LOLPE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–88； UniProt 183–265

S-SNAP25 fusion protein

Loligo pealei

UniProt Q8T3S4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SYNAPTOBREVIN × 1 （P47194） S-SYNTAXIN × 1 （O46345） SYNAPHIN A × 1 （Q95PA1） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8T3S4_LOLPE
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 4–86 作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 126–212

SYNAPHIN A

Loligo pealei

UniProt Q95PA1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SYNAPTOBREVIN × 1 （P47194） S-SYNTAXIN × 1 （O46345） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） S-SNAP25 fusion protein × 1 （Q8T3S4） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q95PA1_LOLPE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–79； UniProt 25–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l4a
沉积日期 deposition_date	2002-03-04
结构标题 title	X-RAY STRUCTURE OF THE NEURONAL COMPLEXIN/SNARE COMPLEX FROM THE SQUID LOLIGO PEALEI
关键词 keywords	SNARE, SNARE complex, membrane fusion, neurotransmission, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l4a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l4a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l4a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.39 Å
Rg（电子密度）	29.93 Å
总 Rg	29.77 Å
原子数	2358
残基数	324
排除体积	40832 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l4a__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SYNAPTOBREVIN
分子量 formula_weight	9046.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2381

PGPPQGPPQPVQQSKRLQQTQAQVEEVVDIMRVNVDKVLERDSKISELDDRADALQAGASQFEASAGKLKRKFWWKNCKM

来源 Source

来源生物 organism	Loligo pealei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6621
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S-SYNTAXIN
分子量 formula_weight	9981.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GKSASGIIMETQQAKQTLADIEARHADIMKLETSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEAAVDYIETAKVDTKKAVKYQSKAR

来源 Source

来源生物 organism	Loligo pealei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6621
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	S-SNAP25 fusion protein
分子量 formula_weight	9566.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NGEVEVPKTELEEIQQQCNQVTDDSLESTRRMLNMCEESKEAGIRTLVMLDEQGEQLDRIEEGLDQINQDMKDAEKNLEGMEK

来源 Source

来源生物 organism	Loligo pealei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6621
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	S-SNAP25 fusion protein
分子量 formula_weight	9671.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VTVGDQNGMGPSSGYVTRITNDAREDDMENNMKEVSSMIGNLRNMAIDMGNEIGSQNRQVDRIQQKAESNESRIDEANKKATKLLKN

来源 Source

来源生物 organism	Loligo pealei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6621
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	SYNAPHIN A
分子量 formula_weight	9251.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GKSASGEKEGNENAEEEAAAIEEARREAEERRKEKHRKMEEEREEMRQTIRDKYGLKKKVKEEPEAEADLDEGRVGRKK

来源 Source

来源生物 organism	Loligo pealei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6621
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1l4aa_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1l4ab1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1l4ab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1l4ac_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1l4ad_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

结构域编号 domain_id	d1l4ae_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.1 — SNARE fusion complex

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1l4aA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1l4aB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1l4aC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1l4aD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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晶胞边长 a length_a	26.072 Å
晶胞边长 b length_b	75.430 Å
晶胞边长 c length_c	243.109 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.3004
R_work r_work	0.2970
R_free r_free	0.3445

X-RAY STRUCTURE OF THE NEURONAL COMPLEXIN/SNARE COMPLEX FROM THE SQUID LOLIGO PEALEI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNAPTOBREVIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-SYNTAXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-SNAP25 fusion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SYNAPHIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l4a__assembly_1__model_1

1l4a__assembly_1__model_1 | I(q)

1l4a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)