SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1l4j 沉积日期 deposition_date 2002-03-05 结构标题 title Holliday Junction TCGGTACCGA with Na and Ca Binding Sites. 关键词 keywords Holliday Junction, DNA; DNA 实验方法 method X-RAY DIFFRACTION
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 15.42 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 14.81 Å 零角强度 I(0) i0 7282950.00 分子量 molecular_weight 12351.0 kDa 排除体积 excluded_volume 12094 ų 包络体积 envelope_volume 16790 ų 水化壳体积 shell_volume 10331 ų 包络直径 envelope_diameter 51.1 Å 壳层 Rg shell_rg 19.40 Å 包络 Rg envelope_rg 14.68 Å 形状 Rg shape_rg 14.72 Å 总 Rg total_rg 15.56 Å 总原子数 total_atoms 814 残基数 n_residues 40 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 52.0 Å Rg (实空间) rg_real 15.37 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.34 Å I(0) (实空间) i0_real 7.2830e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 7.9290e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 15.37 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 7283000.0000 解质量估计 total_estimate 0.8048 解质量评级 solution_quality
GOOD
a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 17.1 Å 偏度 Skewness skewness 0.191 峰度 Kurtosis kurtosis -0.442 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 530500.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.826;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.980;
Smooth: 0.000
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 66.067 Å 晶胞边长 b length_b 23.775 Å 晶胞边长 c length_c 73.816 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 110.58 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 16
对称性 Symmetry
空间群 space_group C 1 2 1 空间群编号 int_tables_number 5 晶系 crystal_system —
精修参数 Refinement
分辨率 resolution 1.850 Å 最低分辨率 resolution_low 15.000 Å R 因子 r_factor 0.2314 R_work r_work 0.2282 R_free r_free 0.2973
衍射实验 Diffraction
Entity 1
polymer
描述 description 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3' 分子量 formula_weight 3045.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 4
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A,B,C,D 原子数 atom_count 982
TCGGTACCGA
Entity 2
non-polymer
描述 description CALCIUM ION 分子量 formula_weight 40.1 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 4
Entity 3
non-polymer
描述 description SODIUM ION 分子量 formula_weight 23.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 2
Entity 4
water
描述 description water 分子量 formula_weight 18.0 kDa 来源方法 src_method nat 拷贝数 entity_count 168
;Conformational and Hydration Effects of Site-selective Sodium, Calcium and
Strontium Ion Binding to the DNA Holliday Junction Structure
d(TCGGTACCGA)4
;
J.Mol.Biol. (2003)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/l4/1l4j/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/l4/1l4j/1l4j.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/l4/1l4j/1l4j_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j.fit
pddf
/app/data/pr_computation/l4/1l4j/1l4j.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/l4/1l4j/1l4j.dat
