SAXSdb — 1l9a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	signal recognition particle RNA S domain × 1 MAGNESIUM ION × 24 METHYL MERCURY ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP19_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l9a
沉积日期 deposition_date	2002-03-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF SRP19 IN COMPLEX WITH THE S DOMAIN OF SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RNA
关键词 keywords	PROTEIN-RNA COMPLEX, RIBONUCLEOPROTEIN, SRP, SIGNAL RECOGNITION PARTICLE, TETRALOOP, SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX; SIGNALING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l9a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l9a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.75 Å
Rg（电子密度）	34.24 Å
总 Rg	34.32 Å
原子数	3459
残基数	212
排除体积	52010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l9a__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	signal recognition particle RNA S domain
分子量 formula_weight	41566.7 kDa
突变 mutation	C112G, G113A, G238U, G239C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3489

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGUC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
分子量 formula_weight	10341.3 kDa
突变 mutation	C61A, C63R, C80A, Q74C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIIWPSYIDKKKSRREGRKVPEELAIEKPSLKDIEKALKKLGLEPKIYRDKRYPRQHWEIAGRVEVDYKGNKLCLLKEIAKIIKGKN

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	METHYL MERCURY ION
分子量 formula_weight	215.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1l9aa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.201 — SRP19
超家族 Superfamily superfamily	d.201.1 — SRP19
家族 Family family	d.201.1.1 — SRP19

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1l9aA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Signal recognition particle, SRP19-like subunit

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晶胞边长 a length_a	70.765 Å
晶胞边长 b length_b	223.875 Å
晶胞边长 c length_c	43.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	37.840 Å
R 因子 r_factor	0.2640
R_work r_work	0.2640
R_free r_free	0.2960

CRYSTAL STRUCTURE OF SRP19 IN COMPLEX WITH THE S DOMAIN OF SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l9a__assembly_1__model_1

1l9a__assembly_1__model_1 | I(q)

1l9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF SRP19 IN COMPLEX WITH THE S DOMAIN OF SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l9a__assembly_1__model_1

1l9a__assembly_1__model_1 | I(q)

1l9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)