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1l9h

Crystal structure of bovine rhodopsin at 2.6 angstroms RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

rhodopsin

物种未注明

UniProt P02699

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–348 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 5 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 4 PLM PALMITIC ACID × 3 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.60 Å R-free 0.225
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–348 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 PLM PALMITIC ACID × 2 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.60 Å R-free 0.225
3 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–348 链 B； UniProt 1–348 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 7 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 4 PLM PALMITIC ACID × 5 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.60 Å R-free 0.225
4 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–348 链 B； UniProt 1–348 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 7 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 4 PLM PALMITIC ACID × 5 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.60 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1L9H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EDS SOLUTION STRUCTURE OF INTRADISKAL LOOP 1 OF BOVINE RHODOPSIN (RHODOPSIN RESIDUES 92-123) 提交 2000-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 93–123（31 aa） 片段：FIRST INTRADISKAL LOOP (RESIDUES 93-123)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 303 K；压力 1
NMR样品组成 2 mM peptide | DMSO
分辨率未提供
1EDV SOLUTION STRUCTURE OF 2ND INTRADISKAL LOOP OF BOVINE RHODOPSIN (RESIDUES 172-205) 提交 2000-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–205（34 aa） 片段：SECOND INTRADISKAL LOOP (RESIDUES 172-205)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 303 K；压力 1
NMR样品组成 2 mM peptide | DMSO
分辨率未提供
1EDW SOLUTION STRUCTURE OF THIRD INTRADISKAL LOOP OF BOVINE RHODOPSIN (RESIDUES 268-293) 提交 2000-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 268–293（26 aa） 片段：THIRD INTRADISKAL LOOP (RESIDUES 268-293)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 303 K；压力 1
NMR样品组成 2 mM peptide | DMSO
分辨率未提供
1EDX SOLUTION STRUCTURE OF AMINO TERMINUS OF BOVINE RHODOPSIN (RESIDUES 1-40) 提交 2000-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–40（40 aa） 片段：AMINO TERMINAL (RESIDUES 1-40)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 303 K；压力 1
NMR样品组成 2 mM peptide | DMSO
分辨率未提供
1F88 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2000-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 4 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；MES, 2-mercaptoethanol, zinc acetate, heptanetriol, nonyl-glucoside, ammonium sulfate are in the hanging drops. mercury acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
1F88 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2000-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 2 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；MES, 2-mercaptoethanol, zinc acetate, heptanetriol, nonyl-glucoside, ammonium sulfate are in the hanging drops. mercury acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
1F88 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2000-06-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 2 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；MES, 2-mercaptoethanol, zinc acetate, heptanetriol, nonyl-glucoside, ammonium sulfate are in the hanging drops. mercury acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
1FDF HELIX 7 BOVINE RHODOPSIN 提交 2000-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–315（25 aa） 片段：HELIX 7, RESIDUES 291-315
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 peptide | DMSO
分辨率未提供
1GZM Structure of Bovine Rhodopsin in a Trigonal Crystal Form 提交 2002-05-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 4 PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 12 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS OF 15 MG/ML PROTEIN AND 0.2% C8E4, 0.05%LDAO AGAINST 0.8M LI2SO4, 1.6% PEG8000 AND 20% GLYCEROL, pH 8.5
分辨率 2.65 Å R-free 0.235
1HZX CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2001-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 5 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2 RET RETINAL × 1 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；MES, 2-MERCAPTOETHANOL, ZINC ACETATE, HEPTANETRIOL, NONYL-GLUCOSIDE, AMMONIUM SULFATE ARE IN THE HANGING DROPS. MERCURY ACETATE, pH 6.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.212
1HZX CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2001-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 PLM PALMITIC ACID × 1 RET RETINAL × 1 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；MES, 2-MERCAPTOETHANOL, ZINC ACETATE, HEPTANETRIOL, NONYL-GLUCOSIDE, AMMONIUM SULFATE ARE IN THE HANGING DROPS. MERCURY ACETATE, pH 6.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.212
1HZX CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2001-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 7 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 PLM PALMITIC ACID × 3 RET RETINAL × 2 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；MES, 2-MERCAPTOETHANOL, ZINC ACETATE, HEPTANETRIOL, NONYL-GLUCOSIDE, AMMONIUM SULFATE ARE IN THE HANGING DROPS. MERCURY ACETATE, pH 6.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.212
1HZX CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN 提交 2001-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 7 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 PLM PALMITIC ACID × 3 RET RETINAL × 2 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；MES, 2-MERCAPTOETHANOL, ZINC ACETATE, HEPTANETRIOL, NONYL-GLUCOSIDE, AMMONIUM SULFATE ARE IN THE HANGING DROPS. MERCURY ACETATE, pH 6.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.212
1JFP Structure of bovine rhodopsin (dark adapted) 提交 2001-06-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1
NMR样品组成 fragments of rhodopsin | aqueous or DMSO
分辨率未提供
1LN6 STRUCTURE OF BOVINE RHODOPSIN (Metarhodopsin II) 提交 2002-05-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1
NMR样品组成 FRAGMENTS OF RHODOPSIN | D2O, DMSO, DPC MICELLES
分辨率未提供
1NZS NMR structures of phosphorylated carboxy terminus of bovine rhodopsin in arrestin-bound state 提交 2003-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–348（19 aa） 片段：C-terminal domain, residues 330-348
突变：all serines and threonines phosphorylated 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；277 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.16 mM of purified arrestin, 1.77 mM of 7PP, 7-phospho-Rh(330-348) or unphosphorylated Rh(330-348) in sodium phosphate buffer, 0.1 M, pH 6.5 and 10% D2O in a total volume of 0.6 ml | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1U19 Crystal Structure of Bovine Rhodopsin at 2.2 Angstroms Resolution 提交 2004-07-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
1U19 Crystal Structure of Bovine Rhodopsin at 2.2 Angstroms Resolution 提交 2004-07-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 3 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 3 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
1VQX ARRESTIN-BOUND NMR STRUCTURES OF THE PHOSPHORYLATED CARBOXY-TERMINAL DOMAIN OF RHODOPSIN, REFINED 提交 2005-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–348（19 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.16 MM PURIFIED ARRESTIN, 1.77 MM 7-PHOSPHO-RH(330-348) IN SODIUM PHOSPHATE BUFFER, 10% D2O IN A TOTAL VOLUME OF 0.6 ML
分辨率未提供
2G87 Crystallographic model of bathorhodopsin 提交 2006-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M ammonium sulfate, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.181
2G87 Crystallographic model of bathorhodopsin 提交 2006-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M ammonium sulfate, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.181
2HPY Crystallographic model of lumirhodopsin 提交 2006-07-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M AMMONIUM SULFATE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
2HPY Crystallographic model of lumirhodopsin 提交 2006-07-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M AMMONIUM SULFATE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.80 Å R-free 0.238
2I35 Crystal structure of rhombohedral crystal form of ground-state rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 16 mM beta-mercaptoethanol, 0.4% Merpol DA, 0.1% sodium azide, equilibrated against 3.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 3.80 Å R-free 0.418
2I36 Crystal structure of trigonal crystal form of ground-state rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.10 Å R-free 0.412
2I36 Crystal structure of trigonal crystal form of ground-state rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.10 Å R-free 0.412
2I36 Crystal structure of trigonal crystal form of ground-state rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.10 Å R-free 0.412
2I37 Crystal structure of a photoactivated rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.15 Å R-free 0.382
2I37 Crystal structure of a photoactivated rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.15 Å R-free 0.382
2I37 Crystal structure of a photoactivated rhodopsin 提交 2006-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；278 K；80 mM MES, pH 6.3, 110 mM N-nonyl-beta-D-glucoside, 200 mM zinc acetate, 0.1% sodium azide, 16 mM beta-mercaptoethanol, 2.6% Merpol HCS, equilibrated against 3.1-3.3 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
分辨率 4.15 Å R-free 0.382
2J4Y Crystal structure of a rhodopsin stabilizing mutant expressed in mammalian cells 提交 2006-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；VAPOUR DIFFUSION IN SITTING DROPS OF 10-15 MG/ML PROTEIN AND 0.2% C8E4,0.05%LDAO AGAINST 1.1-1.7M LITHIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.5
分辨率 3.40 Å R-free 0.330
2PED Crystallographic model of 9-cis-rhodopsin 提交 2007-04-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M AMMONIUM SULFATE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.95 Å R-free 0.289
2PED Crystallographic model of 9-cis-rhodopsin 提交 2007-04-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 6 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；2.9M AMMONIUM SULFATE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.95 Å R-free 0.289
2X72 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CONSTITUTIVELY ACTIVE E113Q,D2C,D282C RHODOPSIN MUTANT WITH BOUND GALPHACT PEPTIDE. 提交 2010-02-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 4 RET RETINAL × 2 LPP 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；3.0-3.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.244
3C9L Structure of ground-state bovine rhodospin in a hexagonal crystal form 提交 2008-02-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 2 PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.216
3C9M Structure of a mutant bovine rhodopsin in hexagonal crystal form 提交 2008-02-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
突变：N2C, D282C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 RET RETINAL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å R-free 0.219
3CAP Crystal Structure of Native Opsin: the G Protein-Coupled Receptor Rhodopsin in its Ligand-free State 提交 2008-02-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 BGL 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose × 6 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.266
3DQB Crystal structure of the active G-protein-coupled receptor opsin in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin 提交 2008-07-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；AMMONIUM SULFATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.20 Å R-free 0.248
3OAX Crystal structure of bovine rhodopsin with beta-ionone 提交 2010-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 2 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 4E6 (4E,6E)-hexadeca-1,4,6-triene × 1 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 ID3 (3E)-4-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)but-3-en-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；zinc acetate, ammonium sulfate, beta-ionone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
3OAX Crystal structure of bovine rhodopsin with beta-ionone 提交 2010-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 1 PLM PALMITIC ACID × 2 HG MERCURY (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 4E6 (4E,6E)-hexadeca-1,4,6-triene × 1 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 2 ID3 (3E)-4-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)but-3-en-2-one × 1 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；zinc acetate, ammonium sulfate, beta-ionone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
3OAX Crystal structure of bovine rhodopsin with beta-ionone 提交 2010-08-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 PLM PALMITIC ACID × 4 HG MERCURY (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 7 4E6 (4E,6E)-hexadeca-1,4,6-triene × 2 HTG heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside × 4 ID3 (3E)-4-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)but-3-en-2-one × 2 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；283 K；zinc acetate, ammonium sulfate, beta-ionone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
3PQR Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin 提交 2010-11-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3PQR Crystal structure of Metarhodopsin II in complex with a C-terminal peptide derived from the Galpha subunit of transducin 提交 2010-11-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3PXO Crystal structure of Metarhodopsin II 提交 2010-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PLM PALMITIC ACID × 2 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；3.0-3.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
4A4M Crystal structure of the light-activated constitutively active N2C, M257Y,D282C rhodopsin mutant in complex with a peptide resembling the C-terminus of the Galpha-protein subunit (GaCT) 提交 2011-10-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 ACT ACETATE ION × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；3.0-3.4 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.262
4BEY Night blindness causing G90D rhodopsin in complex with GaCT2 peptide 提交 2013-03-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.259
4BEZ Night blindness causing G90D rhodopsin in the active conformation 提交 2013-03-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å R-free 0.244
4J4Q Crystal structure of active conformation of GPCR opsin stabilized by octylglucoside 提交 2013-02-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.65 Å R-free 0.230
4PXF Crystal structure of the active G-protein-coupled receptor opsin in complex with the finger-loop peptide derived from the full-length arrestin-1 提交 2014-03-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 6 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；3.2 M (NH4)2SO4 in 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.251
4X1H Opsin/G(alpha) peptide complex stabilized by nonyl-glucoside 提交 2014-11-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；3.1M ammonium sulfate, 100mM citrate
分辨率 2.29 Å R-free 0.229
5DYS Crystal Structure of T94I rhodopsin mutant 提交 2015-09-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
突变：N2C, D282C, T94I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 1 ACT ACETATE ION × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium Sulfate, Sodium acetate
分辨率 2.30 Å R-free 0.231
5EN0 Crystal Structure of T94I rhodopsin mutant 提交 2015-11-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
突变：N2C, T94I, D282C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 1 ACT ACETATE ION × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium sulfate, Sodium acetate
分辨率 2.81 Å R-free 0.253
5TE3 Crystal structure of Bos taurus opsin at 2.7 Angstrom 提交 2016-09-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 PLM PALMITIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；contained 2.8-3.4 M ammonium sulfate in 0.05-0.1 M NaAcO buffer, pH 5.2-5.6
分辨率 2.70 Å R-free 0.254
5TE3 Crystal structure of Bos taurus opsin at 2.7 Angstrom 提交 2016-09-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 6 PLM PALMITIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；contained 2.8-3.4 M ammonium sulfate in 0.05-0.1 M NaAcO buffer, pH 5.2-5.6
分辨率 2.70 Å R-free 0.254
5TE5 Crystal structure of Bos taurus opsin regenerated with 6-carbon ring retinal chromophore 提交 2016-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 7AB (2E)-{(4E)-4-[(3E)-4-(2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl)but-3-en-2-ylidene]cyclohex-2-en-1-ylidene}acetaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；2.8-3.4 M ammonium sulfate in 0.05-0.1 M MES, pH 6.1-6.6, or 0.05-0.1 M NaAcO buffer, pH 5.2-5.6
分辨率 4.01 Å R-free 0.357
5WKT 3.2-Angstrom In situ Mylar structure of bovine opsin at 100 K 提交 2017-07-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；280 K；100 mM sodium acetate , 3.8 M (NH4)2SO4, ~12% (w/v) trehalose
分辨率 3.20 Å R-free 0.295
6FK6 Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS01 提交 2018-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–326（326 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 DOK (2~{S})-2-(4-chlorophenyl)-3-methyl-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, D(+)-TREHALOSE, PH 6.0
分辨率 2.36 Å R-free 0.226
6FK7 Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS06 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 10 DO5 (2~{R},3~{R})-2-(4-chlorophenyl)-3-oxidanyl-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, D(+)-TREHALOSE, PH 6.0
分辨率 2.62 Å R-free 0.253
6FK8 Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS08 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 DNZ (2~{R},3~{S})-3-azanyl-2-(4-chlorophenyl)-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 2.87 Å R-free 0.247
6FK9 Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS09 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 DNK (2~{S})-3-methyl-2-phenyl-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 2.63 Å R-free 0.261
6FKA Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS11 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 DN5 (2~{S})-2-(3,4-dichlorophenyl)-3-methyl-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-butan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 2.70 Å R-free 0.222
6FKB Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS13 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–328（328 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 DLH 2-(4-chlorophenyl)-1-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 3.03 Å R-free 0.272
6FKC Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS15 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 DLB 3-[1'-[(2~{S})-2-(4-chlorophenyl)-3-methyl-butanoyl]spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-5-yl]propanoic acid × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 2.46 Å R-free 0.240
6FKD Crystal structure of N2C/D282C stabilized opsin bound to RS16 提交 2018-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–348（348 aa） 片段：RESIDUES 1-326
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLM PALMITIC ACID × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 DL2 5-chloranyl-2-(2-oxidanylidene-2-spiro[1,3-benzodioxole-2,4'-piperidine]-1'-yl-ethyl)-3~{H}-pyridin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；see publication
分辨率 2.49 Å R-free 0.250
6FUF Crystal structure of the rhodopsin-mini-Go complex 提交 2018-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–317（316 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M MES pH 5.5 10-20% PEG4000
分辨率 3.12 Å R-free 0.280
6NWE Crystal structure of bovine opsin with beta octyl glucoside bound 提交 2019-02-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 PLM PALMITIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3.1-3.3M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5
分辨率 2.71 Å R-free 0.223
6OFJ Cryo-EM structure of the native rhodopsin dimer from rod photoreceptor cells 提交 2019-03-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6OY9 Structure of the Rhodopsin-Transducin Complex 提交 2019-05-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6OYA Structure of the Rhodopsin-Transducin-Nanobody Complex 提交 2019-05-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging; avoid light as much as possible.
分辨率 3.30 Å
6PEL Crystal structure of bovine opsin with citronellol bound 提交 2019-06-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 ODM (3R)-3,7-dimethyloct-6-en-1-ol × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3.1-3.3M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5
分辨率 3.19 Å R-free 0.248
6PGS Crystal structure of bovine opsin with geraniol bound 提交 2019-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 64Z Geraniol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3.1-3.3M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.235
6PH7 Crystal structure of bovine opsin with nerol bound 提交 2019-06-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 NZZ (2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3.1-3.3 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.225
6PH7 Crystal structure of bovine opsin with nerol bound 提交 2019-06-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 PLM PALMITIC ACID × 2 NZZ (2Z)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-ol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；3.1-3.3 ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.225
6QNO Rhodopsin-Gi protein complex 提交 2019-02-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
7MT8 Rhodopsin kinase (GRK1)-S5E/S488E/T489E in complex with rhodopsin 提交 2021-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 SGV SANGIVAMYCIN × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
7MT9 Rhodopsin kinase (GRK1) in complex with rhodopsin 提交 2021-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 SGV SANGIVAMYCIN × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.00 Å
7MTA Rhodopsin kinase (GRK1)-S5E/S488E/T489E in complex with rhodopsin and Fab1 提交 2021-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 SGV SANGIVAMYCIN × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7MTB Rhodopsin kinase (GRK1)-S5E/S488E/T489E in complex with rhodopsin and Fab6 提交 2021-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–348（348 aa）
未记录 SGV SANGIVAMYCIN × 1 RET RETINAL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZBC Dark state crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase (SACLA) 提交 2022-03-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 ACE ACETYL GROUP × 2 RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DAO LAURIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 13 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 9；294 K；36 % PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7ZBE Dark state crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase (SwissFEL) 提交 2022-03-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 ACE ACETYL GROUP × 2 RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DAO LAURIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 13 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 9；294 K；36 % PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.247
8A6C 1 picosecond light activated crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase 提交 2022-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 ACE ACETYL GROUP × 2 RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DAO LAURIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 13 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 9；294 K；36% PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.398
8A6D 10 picosecond light activated crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase 提交 2022-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 ACE ACETYL GROUP × 2 RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DAO LAURIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 13 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 9；294 K；36 % PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.347
8A6E 100 picosecond light activated crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase (SACLA) 提交 2022-06-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DAO LAURIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 13 PLM PALMITIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 9；294 K；36 % PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.369
8FCZ Crystal structure of ground-state rhodopsin in complex with a nanobody 提交 2022-12-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 RET RETINAL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；30% PEG 600 0.1 M Tricine pH 8 1.2 mM F3215-0002 2% IPTG 50 mM phenol 5 mM EDTA 5 mM beta mercaptoethanol 50 mM Cyglu-4
分辨率 3.70 Å R-free 0.332
8FD0 Crystal structure of bovine rod opsin in complex with a nanobody 提交 2022-12-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.16；277.15 K；25% PEG 600 0.1 M Tricine pH 8.16 5 mM EDTA 5 mM beta mercaptoethanol 10 mM hydroxylamine 50 mM CYGLU-4 * reservoir solution contained 30% PEG 600
分辨率 3.71 Å R-free 0.295
8FD1 Crystal structure of photoactivated rhodopsin in complex with a nanobody 提交 2022-12-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–348（348 aa）
链 B 1–348（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277.15 K；25.5% PEG 600 0.1 M Tricine pH 7.8 5 mM EDTA 5 mM beta mercaptoethanol 50 mM Cyglu-4
分辨率 4.25 Å R-free 0.295
8P12 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound to antibody fragment Fab13 提交 2023-05-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–348（348 aa）
突变：N2C, M257Y, D282C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8P13 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments scFv16 and Fab79, conformation 1 提交 2023-05-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 R 1–348（348 aa）
突变：N2C, M257Y, D282C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
8P15 Cryo-EM structure of Rhodopsin-Gi bound with antibody fragments scFv16 and Fab79, conformation 2 提交 2023-05-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 R 1–348（348 aa）
突变：N2C, M257Y, D282C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
9NNZ Structure of rod opsin in complex with a megabody 提交 2025-03-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–348（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.94 Å
9NOZ Structure of photoactivated rhodopsin in complex with a megabody 提交 2025-03-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–348（348 aa）
链 D 1–348（348 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
分辨率 3.48 Å
9NYX Structure of Native Bovine Rhodopsin in Complex with Mb7 in the Dark State 提交 2025-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–322（322 aa）
链 D 1–322（322 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） RET RETINAL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 74 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OPSD_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–349； UniProt 1–348 作者链 B； PDB构建体 2–349； UniProt 1–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1l9h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1l9h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1l9h
沉积日期 deposition_date2002-03-23
结构标题 titleCrystal structure of bovine rhodopsin at 2.6 angstroms RESOLUTION
关键词 keywordsG PROTEIN-COUPLED RECEPTOR, MEMBRANE PROTEIN, RETINAL PROTEIN, PHOTORECEPTOR, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.20 Å
零角强度 I(0) i087437800.00
分子量 molecular_weight80523.0 kDa
排除体积 excluded_volume103060 ų
包络体积 envelope_volume117740 ų
水化壳体积 shell_volume35177 ų
包络直径 envelope_diameter90.3 Å
壳层 Rg shell_rg35.45 Å
包络 Rg envelope_rg27.43 Å
形状 Rg shape_rg27.22 Å
总 Rg total_rg28.01 Å
总原子数 total_atoms5558
残基数 n_residues641
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.0 Å
Rg (实空间) rg_real28.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real8.7440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal87440000.0000
解质量估计 total_estimate0.9116
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.2 Å
偏度 Skewness skewness0.086
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19600000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1l9ha_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamilyf.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family familyf.13.1.2 — Rhodopsin-like
结构域编号 domain_idd1l9hb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamilyf.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family familyf.13.1.2 — Rhodopsin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1l9hA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id1l9hB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)