1lbg

LACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 138.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (LACTOSE OPERON REPRESSOR)

Escherichia coli

UniProt P03023

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–360 链 B; UniProt 1–360 未记录 ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3') ; × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 4.80 Å
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–360 链 D; UniProt 1–360 未记录 ;DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3') ; × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LACI_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360 作者链 B; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360 作者链 C; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360 作者链 D; PDB构建体 1–360; UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lbg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lbg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lbg
沉积日期 deposition_date1996-01-03
结构标题 titleLACTOSE OPERON REPRESSOR BOUND TO 21-BASE PAIR SYMMETRIC OPERATOR DNA, ALPHA CARBONS ONLY
关键词 keywordsTRANSCRIPTION REGULATION, DNA-BINDING, REPRESSOR, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.88
零角强度 I(0) i0572368000.00
分子量 molecular_weight179250.0 kDa
排除体积 excluded_volume214070 ų
包络体积 envelope_volume233780 ų
水化壳体积 shell_volume45428 ų
包络直径 envelope_diameter148.2
壳层 Rg shell_rg48.06
包络 Rg envelope_rg41.91
形状 Rg shape_rg45.84
总 Rg total_rg44.65
总原子数 total_atoms1716
残基数 n_residues84
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.8
Rg (实空间) rg_real42.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real5.7240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal572400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9026
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary52.5
偏度 Skewness skewness0.198
峰度 Kurtosis kurtosis-0.529
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha19930000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.877

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1lbga1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator
结构域编号 domain_idd1lbga2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd1lbgb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator
结构域编号 domain_idd1lbgb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd1lbgc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator
结构域编号 domain_idd1lbgc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like
结构域编号 domain_idd1lbgd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.5 — GalR/LacI-like bacterial regulator
结构域编号 domain_idd1lbgd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)