1lfu

NMR Solution Structure of the Extended PBX Homeodomain Bound to DNA

Method: SOLUTION NMR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

homeobox protein PBX1

Mus musculus

UniProt P41778

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PBX1_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 2–82; UniProt 233–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lfu
沉积日期 deposition_date2002-04-12
结构标题 titleNMR Solution Structure of the Extended PBX Homeodomain Bound to DNA
关键词 keywordsprotein-dna complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lfu__assembly_1__model_17

Assembly 1 · Model 17 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lfu__assembly_1__model_17 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lfu__assembly_1__model_17 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.89 Å
Rg(电子密度)15.92 Å
总 Rg16.82 Å
原子数2239
残基数110
排除体积20232 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1lfu__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 1lfu__assembly_1__model_2 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 1lfu__assembly_1__model_3 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 1lfu__assembly_1__model_4 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 1lfu__assembly_1__model_5 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 1lfu__assembly_1__model_6 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 1lfu__assembly_1__model_7 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 1lfu__assembly_1__model_8 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 1lfu__assembly_1__model_9 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 1lfu__assembly_1__model_10 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 1lfu__assembly_1__model_11 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 1lfu__assembly_1__model_12 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 1lfu__assembly_1__model_13 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 1lfu__assembly_1__model_14 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 1lfu__assembly_1__model_15 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 1lfu__assembly_1__model_16 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 17 1lfu__assembly_1__model_17 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 18 1lfu__assembly_1__model_18 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 19 1lfu__assembly_1__model_19 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 20 1lfu__assembly_1__model_20 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1lfup_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1lfuP00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like

7. 引用文献 (1)