SAXSdb — 1lkd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE

Burkholderia xenovorans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	FE (II) ION × 16 2',6'-DICHLORO-BIPHENYL-2,6-DIOL × 16 HEXAETHYLENE GLYCOL × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BPHC_BURCE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lkd
沉积日期 deposition_date	2002-04-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE (DHBD) COMPLEXED WITH 2',6'-DICL DIHYDROXYBIPHENYL (DHB)
关键词 keywords	Extradiol dioxygenase, 2, 3-Dihydroxybiphenyl, non-heme iron, Anaerobic, PCB biodegradation, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lkd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lkd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.13 Å
Rg（电子密度）	39.53 Å
总 Rg	40.06 Å
原子数	18064
残基数	2296
排除体积	320890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lkd__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE
分子量 formula_weight	32377.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2584

SIRSLGYMGFAVSDVAAWRSFLTQKLGLMEAGTTDNGDLFRIDSRAWRIAVQQGEVDDLAFAGYEVADAAGLAQMADKLKQAGIAVTTGDASLARRRGVTGLITFADPFGLPLEIYYGASEVFEKPFLPGAAVSGFLTGEQGLGHFVRCVPDSDKALAFYTDVLGFQLSDVIDMKMGPDVTVPAYFLHCNERHHTLAIAAFPLPKRIHHFMLEVASLDDVGFAFDRVDADGLITSTLGRHTNDHMVSFYASTPSGVEVEYGWSARTVDRSWVVVRHDSPSMWGHKSVRDKAAARNKA

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia xenovorans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266265
宿主生物 host_organism	Pseudomonas putida

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2',6'-DICHLORO-BIPHENYL-2,6-DIOL
分子量 formula_weight	255.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	326

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1lkda1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.3 — Extradiol dioxygenases

结构域编号 domain_id	d1lkda2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.3 — Extradiol dioxygenases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1lkdA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	1lkdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

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晶胞边长 a length_a	122.640 Å
晶胞边长 b length_b	122.640 Å
晶胞边长 c length_c	107.232 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2200

CRYSTAL STRUCTURE OF 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE (DHBD) COMPLEXED WITH 2',6'-DICL DIHYDROXYBIPHENYL (DHB)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lkd__assembly_1__model_1

1lkd__assembly_1__model_1 | I(q)

1lkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE (DHBD) COMPLEXED WITH 2',6'-DICL DIHYDROXYBIPHENYL (DHB)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIPHENYL-2,3-DIOL 1,2-DIOXYGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lkd__assembly_1__model_1

1lkd__assembly_1__model_1 | I(q)

1lkd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)